kimeneti formátum

az eredményoldalon minden lekérdezési sorozathoz megjelenik a név, a hossz és az eurális hálózati kimeneti pontszám, amelyen a cTP/nem cTP hozzárendelés alapul. Minél magasabb a pontszám, annál biztosabb a hálózathogy ez a szekvencia N-terminális kloroplaszt tranzit peptidet (cTP) tartalmaz.A potenciális cTP hossza is bemutatásra kerül, valamint a megfelelőleavage site pontszám. Felhívjuk figyelmét, hogy a tranzit előrejelzésea peptid hosszát akkor is elvégzik, ha jelenlétét nem jósolják meg.A cél a maximális információszolgáltatás a határesetekben.

ha a “részletes kimenetet” választja, akkor a neurális hálózat pontszáma is bemutatásra kerül. Minél magasabb ez a pontszám, annál biztosabbhogy ez a maradék a cTP része. A networkscore származéka is bemutatásra kerül. Ezt a pontszámot arra használják, hogy megtalálják azt a területet, ahol a tisztítás helyét keresik – nevezetesen a 40 a legmagasabb származékos pontszámmal rendelkező maradványokat körülvevő maradványok. Végül az egyes maradékokra vonatkozóan bemutatjuk a hasítási hely pontszámát(CS-pontszám). Ezt a pontszámot a meme nevű automatikus motívumkereső algoritmusból származó mátrixból számítják ki. A hasítási pontszámot úgy határozzuk meg, hogy az előre jelzett hasítási hely a legmagasabb pontszámú maradék közvetlen terminálja legyen a 40 maradékok. Így létezhet egy vagy több CS-pontszám, amely(ek) nagyobb, mint a javasolt cTP-hossz pontszáma, de mivel a legmagasabb derivált pontszám körül a 40-es értéken kívül helyezkednek el, a bemutatott cTP-hossz még mindig az, amit ChloroP a legvalószínűbb előszekvencia-hossznak tart(azaz. a legvalószínűbb hasítási helynek felel meg).

segítségkérés

tudományos problémák: technikai problémák:

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.