Kromoszóma konformáció rögzítés

bevezetés

kromoszóma konformáció rögzítés (3c) a kromoszóma DNS térbeli szerveződésének kimutatására használt technika rögzített sejtekben. A DNS-szekvenciák térbeli közelségben vannak a magban, vagy fizikai kölcsönhatásokban vesznek részt (például a gének és a szabályozó elemek között) kvantitatív módon értékelhetők, hogy olyan mérést nyújtsanak, amely potenciálisan tükrözi az asszociáció gyakoriságát és/vagy közelségét. A 3C felhasználható az ugyanazon kromoszómán lévő DNS-szekvenciák (intrakromoszomális) vagy a különböző kromoszómák (interkromoszomális) közötti hosszú távú kölcsönhatások tanulmányozására. Röviden, a közelben lévő kromatin fragmenseket formaldehiddel rögzítik, majd restrikciós enzimekkel történő emésztést, nukleáris lízist, a térhálósított komplexek hígítását, intramolekuláris ligálást követnek. A keresztkötéseket ezután eltávolítják, és a DNS-t megtisztítják. Ezután polimeráz láncreakciót (PCR) használnak az új ligációs csomópontokat tartalmazó DNS-fragmensek amplifikálására a vizsgált DNS-szekvenciákra specifikus primerek alkalmazásával. Itt egy részletes 3C protokollt és kísérleti kontrollokat írunk le, amelyek bármely két genomi régió nukleáris egymás mellé helyezésének vizsgálatára alkalmazhatók, cisz-ben vagy transz-ban.