mi a különbség egy anyag és egy vegyület között a Pubchemben?

a PubChem felhasználói néha megkérdezik az anyag és a vegyület közötti különbséget. A kérdés nem meglepő, mivel az “anyag” és a “vegyület” elnevezések önmagukban nem közvetítik a különbséget. A PubChem terminológiában az anyag egy kémiai minta leírása, amelyet egyetlen forrás szolgáltat, a vegyület pedig egy vagy több közreműködött anyagban található normalizált kémiai szerkezeti ábrázolás. A megkülönböztetés fontos, mivel a PubChem három különálló adatbázisba van szervezve: vegyület, anyag és BioAssay. Az alábbi ábra magyarázza a különbséget, de vizsgáljuk meg ezt tovább.

a PubChem különböző adatbázisainak megértéséhez hasznos tudni, hogy honnan származnak az információk. A PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) a vegyi anyagok és biológiai tevékenységükkel kapcsolatos információk nyílt archívuma. Az adatokat több száz közreműködő szolgáltatja (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/források/), beleértve a kiadókat, kutatókat, vegyipari kereskedőket, gyógyszeripari vállalatokat és számos fontos kémiai biológiai forrást. Ezen adatforrások mindegyike hozzájárul azoknak a vegyi anyagmintáknak a leírásához, amelyekről információval rendelkeznek.

a PubChem ezeket a közösség által biztosított mintaleírásokat “anyagoknak” nevezi.”A PubChem Anyagadatbázisban található minden rekord (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) egy adott közreműködő által szolgáltatott információkat tartalmaz egy adott vegyi anyagról. Az anyagrekordok függetlenek egymástól. Két különböző Anyagrekord (ugyanazon vagy különböző szolgáltatóktól) eltérő információkat szolgáltathat ugyanarról a kémiai szerkezetről. Például egy anyagrekord információt adhat az aszpirin biológiai szerepéről, míg egy másik információt adhat az aszpirin kutatási minőségű mintájáról. Az Anyagadatbázis fenntartja a kémiai anyagokkal kapcsolatos információk eredetét a Pubchemben. Segít a felhasználóknak látni, hogy ki mit adott. Ennek eredményeként sok anyagrekord lehet egy adott molekuláról, ami problémát jelent azoknak a felhasználóknak, akiket érdekel a molekulára vonatkozó információk összesített nézete. Itt jön létre a PubChem összetett adatbázis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound).

az összetett adatbázis az Anyagadatbázisban található kémiai szerkezet tartalmából származik. Minden vegyi anyagot számítási szempontból vizsgálunk validációs és normalizációs lépések sorozatával. Ez a folyamat az anyagrekord kémiai szerkezetének normalizált ábrázolását eredményezi. Az Anyagadatbázisban szereplő olyan vegyi anyagok, amelyek nincsenek teljesen leírva, vagy amelyek nem felelnek meg a normalizálási eljárásoknak, nem szerepelnek az összetett adatbázisban. Az Anyagadatbázisban szereplő azon anyagok, amelyek kémiai szerkezet normalizálási eljárásokon mennek keresztül, az összetett adatbázis “összetett” rekordjához kapcsolódnak. Ha két anyag ugyanarra a kémiai szerkezetre utal, akkor ugyanarra a vegyületre mutatnak. Ez lehetővé teszi a különböző Anyagadatszolgáltatók adatainak összesítését egy közös összetett rekordon keresztül. A különálló anyagnyilvántartások azonban továbbra is értékesek a felhasználók számára, akiket például érdekelhet egy anyag eredete vagy a vegyi anyag egy bizonyos állapota (például egy másik tautomer forma). Lényegében a PubChem Compound database elsődleges célja, hogy “nem redundáns” képet nyújtson a PubChem Anyagadatbázisban tárolt, a betétes által közreműködött kémiai szerkezet tartalmáról.

tehát az elején feltett kérdés megválaszolásához mi a különbség egy anyag és egy vegyület között? Az anyag egy adott PubChem adatszolgáltatótól származó kémiai anyagminta-leírás. A vegyület egy normalizált kémiai szerkezeti ábrázolás, amely egy vagy több hozzájárult anyagleírásban található.

ha többet szeretne megtudni erről a témáról, kérjük, fontolja meg ezeket a linkeket:

• PubChem Súgó (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/Súgó.html # PubChem_Overview)
• PubChem anyag/vegyület összefoglaló oldal Súgó (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).