poliovírus/Hepatitis C vírus (HCV) Kiméra genetikai analízise: a poliovírus lóhere levele és a HCV 5′ nem Transzlált Régió szekvenciája közötti kölcsönhatás replikációs fenotípust eredményez
absztrakt
a belső riboszomális belépési helyek (IRESS) működhetnek idegen Vírusgenomokban vagy mesterséges dicistronikus mRNS-ekben. Leírjuk a vad típusú hepatitis C vírus (HCV) specifikus szekvencia és a poliovírus (PV) 5′-terminális lóhere levele közötti kölcsönhatást egy PV/HCV kiméra vírus (HCV IRES), ami replikációs fenotípust eredményez. Vagy pontmutáció a nukleotidnál (nt) 29 vagy deléció nt 40-ig a HCV 5′ nem transzlált régióban enyhítette a replikációs blokkot, így PV/HCV variánsok replikálódtak magas titerekre. Az IRES-alapú dicistronikus expressziós Vektorok felépítésekor figyelembe kell venni az IRES és a környező heterológ RNS közötti véletlen, mégis bénító kölcsönhatásokat.
az összes pikornavírus Genom tartalmaz egy belső riboszomális belépési hely (IRES) nevű genetikai elemet, amely lehetővé teszi a vírusgenomikus mRNS – ek 5′-és cap-független módon történő fordítását (5, 12, 13, 16, 20, 25). Hasonló genetikai elemeket fedeztek fel a Hepatitis C vírus(HCV) (24), a hepacivírus és a szarvasmarha vírusos hasmenés vírus (21), a Pestivírus, a Flaviviridae család. Az IRESs a genomok 5′-terminális szegmensében helyezkedik el, ahol szabályozzák a poliprotein szintézis megindítását. Bizonyos rovar RNS vírusok, például Plautia staliintestine vírus, azonban kivételesek abban, hogy rokon IRES-jük több ezer nukleotidot térképez fel a genom 5′ végétől lefelé, elválasztva két különböző poliproteint kódoló cistront (23). Érdekes, hogy korábban megterveztünk egy dicistronikus poliovírust (PV) az encephalomyocarditis vírus IRES-jének beillesztésével a PV poliprotein kódoló régiójába (16). Ennek a dicistronikus PV-nek a genetikai szervezete, amely két IRES-el elválasztott poliproteint kódol, nagyon hasonlít a P. stali bélvíruséhoz.
az IRES elemeket funkció határozza meg, nem pedig nukleotidszekvencia. Valóban, a PV, a pikornavírus és a HCV, a flavivírus Iressje kevés, ha bármilyen közös szekvenciával rendelkezik, mégis mindkettő a belső riboszomális bejutás elősegítőjeként működik a transzláció megindításához. Ez a jelenség leginkább a kiméra PV/HCV vírusokban nyilvánul meg, amelyekben a rokon PV IRES-t kicserélték a HCV-vel (15, 28). Váratlanul a HCV IRES tartalmaz egy szekvenciát az Aug kodontól lefelé, amely elindítja a poliproteint (15, 22). Életképes PV / HCV kiméra vírus létrehozásakor a magfehérje-kódoló szekvencia egy része szükséges volt egy életképes vírus előállításához (ábra.1, 65). Az Adapcore szekvencia a kialakulásához vezet egy Adapcore / PV fúziós poliprotein amelyet a PV vírusproteináz 2apro általi hasítás útján kell feldolgozni az Adapcore*1a csomópontnál (ábra. 1) (28). A HCV IRES működéséhez azonban a P/H710-d17*-ben (28) nem szükséges a Magszekvencia-kódolású peptidek előállítása, amelyek az Adapcore szekvencia transzlációjából származnak. (Korábbi vizsgálatokban a P / H710-d17-et p/H701-2a-nak nevezték el, mert a kiméra Genom tartalmazta a HCV-specifikus szekvenciát a HCV genom 18-710 nukleotidjaiból . A HCV 5 ‘nem lefordított régió számozása ebben a cikkben megfelel a teljes hosszúságú HCV 5’ NTR számozásának .)
