Identifizierung und Charakterisierung des Citrus Yellow Vein Clearing Virus, eines mutmaßlichen neuen Mitglieds der Gattung Mandarivirus

Molekulare Merkmale und genomische Organisation wurden für das Citrus Yellow Vein Clearing Virus (CYVCV) bestimmt, den mutmaßlichen viralen Verursacher der Yellow Vein Clearing Disease von Zitronenbäumen, der in Pakistan, Indien und in jüngerer Zeit in der Türkei und in China gemeldet wurde. CYVCV-Isolat Y1 aus Adana, Türkei, wurde für die Tiefensequenzierungsanalyse der virusinduzierten kleinen RNA-Fraktionen und für die mechanische und Transplantatimpfung von krautigen und Zitrus-Indikatorpflanzen verwendet. Ein polyklonales Antiserum wurde aus CYVCV-Y1 entwickelt, das aus Phaseolus vulgaris gereinigt wurde, und in Western-Blot-Assays verwendet, um das Hüllprotein von CYVCV-Y1 zu charakterisieren und seine serologische Beziehung zu verwandten Viren zu bestimmen. Contigs, die aus den von Illumina sequenzierten Short Reads zusammengestellt wurden, wurden verwendet, um das gesamte Genom des Citrus Yellow Vein Clearing Virus (CYVCV) zu konstruieren, das aus einer Positiv-Sense-RNA von 7.529 Nukleotiden besteht und sechs vorhergesagte offene Leserahmen enthält. Die CYVCV-Genomorganisation und -größe ähnelte der von Flexiviren, und die Suche nach Sequenzhomologien ergab, dass das indische Zitrus-Ringfleckenvirus (ICRSV) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) das am engsten verwandte Virus ist. CYVCV hatte jedoch eine Gesamtnukleotidsequenzidentität von ≈74% mit ICRSV. Obwohl die beiden Viren in Bezug auf Genomorganisation, Viruspartikel und krautige Wirtsbereiche ähnlich waren, verursachte CYVCV bei Zitrusfrüchten unterschiedliche Symptome und unterschied sich serologisch von ICRSV. Primerpaare wurden entworfen und verwendet, um das Virus durch konventionelle und quantitative Reverse Transkription-Polymerase-Kettenreaktion auf gelben Ader Clearing symptomatische Feldbäume sowie Transplantat- und mechanisch inokulierte Wirtspflanzen nachzuweisen. Zusammenfassend deuten diese Daten darauf hin, dass CYVCV der ursächliche Erreger der Yellow Vein Clearing Disease ist und eine neue Art in der Gattung Mandarivirus darstellt.