3.6. Geni con trascrizioni e con nomi identici segnalati come aventi 0 conteggi anche con letture mappate

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Il problema

Quando si esegue l’RNA-Seq strumento utilizzando pista a base di riferimenti e

• utilizzando l’opzione “Genoma annotato con i geni e le trascrizioni”, e
• due o più geni che aveva lo stesso nome, e
• una trascrizione potrebbe essere assegnato a ciascuno di questi geni da mRNA traccia

quindi il valore di “Trascrizioni annotate” colonna la traccia GE e nella traccia TE era 0, e tutti i conteggi per tali geni sono stati segnalati come zero, anche quando c’erano letture mappatura a loro.

Quali software e versioni sono interessati?

Questo problema riguarda:

Quali versioni del software sono state corrette?

Questo problema è stato risolto in CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 e CLC Genomics Server 8.0.1, rilasciato il 9 giugno 2016.

È stato anche affrontato nella linea di rilascio precedente: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3 e CLC Genomics Server 7.5.3, rilasciato il 16 giugno 2016.

Le note di rilascio che descrivono la correzione di questo problema sono disponibili nelle ultime pagine di miglioramento per ciascun prodotto. Questa particolare correzione è descritta come segue:

Risolto un problema con lo strumento di analisi RNA-Seq che poteva sorgere quando veniva scelta l’opzione” Genomi annotati con geni e trascritti”: se due o più geni avevano lo stesso nome e una trascrizione poteva essere assegnata a ciascuno dalla traccia mRNA, il valore nella colonna” Trascritti annotati ” nella traccia GE e nella traccia TE era 0. Inoltre, tutti i conteggi per tali geni sono stati segnalati come zero, anche quando c’erano letture mappatura a loro.

Come posso verificare se la mia analisi RNA-Seq è stata influenzata dal problema?

Per scoprire se la tua analisi è influenzata da te:

• Ordina la tabella delle tracce TE nella colonna: “Trascrizioni annotate”
• Tutte le trascrizioni che hanno 0 in questa colonna sono interessate. Tutte le altre trascrizioni non sono interessate da questo bug.

Il bug era presente in una fase molto avanzata nell’esecuzione dell’algoritmo RNA-Seq, quando i risultati del calcolo sono stati inseriti nella tabella. I calcoli sottostanti sono stati eseguiti correttamente, ma i valori per i nomi dei geni duplicati sono stati esclusi. I valori diversi da zero che lo hanno inserito nella tabella sono corretti e non cambieranno con la correzione.

Mentre le trascrizioni con 0 nella colonna “Trascrizioni annotate” (trascrizioni interessate) saranno spesso visualizzate quando si utilizzano le versioni del software interessate nelle condizioni di analisi sopra descritte, non prevediamo che sarà necessario rieseguire le analisi nella maggior parte dei casi. Solo un numero molto piccolo di geni / trascritti sarebbe generalmente influenzato e questi potrebbero non essere geni di interesse per l’analisi. Ad esempio, in molti casi, i geni hanno dato lo stesso nome codice per rRNA, snoRNA e altri RNA vari, piuttosto che MRNA.
Se vedi trascrizioni interessate associate a geni di potenziale interesse, ti consigliamo di rieseguire l’analisi utilizzando una versione del software che include una correzione per questo problema.