Analisi Genetica di un Poliovirus/Virus dell’Epatite C (HCV) Chimera: l’Interazione tra il virus della Polio Quadrifoglio e una Sequenza di HCV 5′ non convertiti Regione traduce in una Replica Fenotipo
ABSTRACT
Interno ribosomiale voce di siti (IRESs) può funzionare in esteri genomi virali o artificiale dicistronic mrna. Descriviamo un’interazione tra la sequenza specifica del virus dell’epatite C di tipo selvaggio (HCV) e il trifoglio terminale del poliovirus (PV) 5’in un virus chimerico PV/HCV (contenente l’IRES HCV), con conseguente fenotipo di replicazione. Una mutazione puntiforme al nucleotide (nt) 29 o una delezione fino a nt 40 nella regione non tradotta HCV 5′ ha alleviato il blocco di replicazione, producendo varianti PV/HCV replicanti a titoli elevati. Le interazioni fortuite ma paralizzanti tra un IRES e l’RNA eterologo circostante devono essere considerate quando si costruiscono vettori di espressione dicistronica basati su IRES.
Tutti i genomi del picornavirus contengono un elemento genetico denominato internal ribosomal entry site (IRES) che consente la traduzione di MRNA genomici virali in modo indipendente da 5′ e cap(5, 12, 13, 16, 20, 25). Elementi genetici simili sono stati scoperti anche nei genomi del virus dell’epatite C (HCV) (24), un Hepacivirus e del virus della diarrea virale bovina (21), un Pestivirus, della famiglia Flaviviridae. IRESs si trovano nel segmento 5 ‘ – terminale dei genomi, dove controllano l’inizio della sintesi della poliproteina. Alcuni virus a RNA di insetti, ad esempio il virus Plautia staliintestine, tuttavia, sono eccezionali in quanto i loro IRES affini mappano diverse migliaia di nucleotidi a valle dell’estremità 5’ del genoma, separando due cistroni che codificano due diverse poliproteine (23). È interessante notare che abbiamo precedentemente progettato un poliovirus dicistronico (PV) inserendo l’IRES del virus dell’encefalomiocardite nella regione codificante della poliproteina PV (16). L’organizzazione genetica di questo PV dicistronico, che codifica due poliproteine separate da un elemento IRES, assomiglia molto a quella del virus intestinale P. stali.
Gli elementi IRES sono definiti dalla funzione e non dalla sequenza nucleotidica. In effetti, l’IRESs di PV, un picornavirus, e HCV, un flavivirus, hanno poca o nessuna sequenza in comune, ma entrambi funzionano come promotori dell’ingresso ribosomiale interno per l’avvio della traduzione. Questo fenomeno è più evidente nei virus chimerici PV/HCV in cui l’IRES PV affine è stata scambiata con quella di HCV (15, 28). Inaspettatamente, l’IRES HCV include una sequenza a valle del codone AUG che avvia la sua poliproteina (15, 22). Nella costruzione di un virus chimerico PV/HCV vitale, era necessaria una porzione della sequenza di codifica delle proteine di base per ottenere un virus vitale(Fig.1, ΔCore) (15). La sequenza ΔCore porta alla formazione di una poliproteina di fusione ΔCore / PV che deve essere elaborata attraverso la scissione dalla proteinasi virale PV 2Apro alla giunzione ΔCore * 1A (Fig. 1) (28). Tuttavia, la produzione di peptidi codificati in sequenza principale risultante dalla traduzione della sequenza ΔCore non è necessaria per la funzione dell’HCV IRES in P/H710-d17* (28). (In studi precedenti, P/H710-d17 è stato designato P / H701-2A perché il genoma chimerico conteneva la sequenza HCV-specifica dai nucleotidi 18 a 710 del genoma HCV . La numerazione della regione HCV 5 ‘ non tradotta in questo documento è conforme alla numerazione dell’intera HCV 5’NTR .)
