Cambiamento conformazionale
Molte tecniche biofisiche come cristallografia, NMR, risonanza paramagnetica elettronica (EPR) utilizzando tecniche di spin label, dicroismo circolare (CD), scambio di idrogeno e FRET possono essere utilizzate per studiare il cambiamento conformazionale macromolecolare. L’interferometria a doppia polarizzazione è una tecnica da banco in grado di misurare i cambiamenti conformazionali nelle biomolecole in tempo reale ad altissima risoluzione.
Una specifica tecnica ottica non lineare chiamata second-harmonic generation (SHG) è stata recentemente applicata allo studio del cambiamento conformazionale nelle proteine. In questo metodo, una sonda secondo-armonica-attiva è disposta ad un sito che subisce il moto nella proteina tramite mutagenesi o collegamento non site-specifico e la proteina è adsorbita o specificamente immobilizzata ad una superficie. Un cambiamento nella conformazione proteica produce un cambiamento nell’orientamento netto del colorante rispetto al piano superficiale e quindi l’intensità del secondo fascio armonico. In un campione di proteine con un orientamento ben definito, l’angolo di inclinazione della sonda può essere determinato quantitativamente, nello spazio reale e in tempo reale. Gli amminoacidi innaturali secondo-armonici-attivi possono anche essere usati come sonde.
Un altro metodo applica biosuperfici elettro-commutabili in cui le proteine vengono posizionate sopra molecole di DNA corte che vengono poi trascinate attraverso una soluzione tampone mediante applicazione di potenziali elettrici alternati. Misurando la loro velocità che dipende in ultima analisi dal loro attrito idrodinamico, i cambiamenti conformazionali possono essere visualizzati.
