Chip-exo

ChIP-exo è una versione specializzata di CHIP utilizzato per mappare in modo molto specifico proteina di interesse (POI) siti di legame nel genoma. ChIP-exo aggiunge un ulteriore passo di digestione del DNA a ChIP-seq. Quando l’anticorpo è legato al complesso POI-cromatina, un 3′ esonucleasi viene utilizzato per digerire il DNA che sporge dal sito di legame POI. Ciò riduce la risoluzione da centinaia di nucleotidi a un minimo di uno (Rhee e Pugh, 2012). I 5 ‘ fili rimangono, e sono utilizzati per rilevare la regione da microarray, PCR, o più comunemente sequenziamento.

Il principale vantaggio di questa tecnologia è chiaramente il suo aumento della risoluzione, ma riduce anche il rumore digerendo il DNA contaminante, quindi è necessaria una minore profondità di sequenziamento (Rhee e Pugh, 2012). A causa di questa sensibilità, ChIP-exo è stato utilizzato per mappare nuovi siti di iniziazione trascrizionale e altri studi basati sulla scoperta (Venters e Pugh, 2013). L’unico vero svantaggio è che tutte le complesse interazioni tridimensionali della proteina vengono perse. Ad esempio, se un fattore di trascrizione lega simultaneamente due regioni genomiche, questo verrà letto come due eventi di legame distinti, non uno.

Recentemente, ChIP-exo è stato adattato per utilizzare la comune piattaforma di sequenziamento Illumina. Questo adattamento acutally sovraperformato CHIP-seq su Illumina in tutte le metriche, ed è appositamente progettato per studi umani efficienti (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo Lettura aggiuntiva

Rhee, H. S., e Pugh, B. F. (2011). Interazioni complete Genome-wide Proteina-DNA rilevato a risoluzione singolo nucleotide. Cella 147, 1408-1419.

Questo documento è del gruppo che ha sviluppato ChIP-exo e descrive il flusso di lavoro del processo in dettaglio. Gli autori applicano anche la tecnologia per caratterizzare i fattori di trascrizione precedentemente sconosciuti.

Elenco di riferimento

• Rhee, H. S., e Pugh, B. F. (2012). Metodo ChIP-exo per identificare la posizione genomica delle proteine leganti il DNA con precisione quasi a singolo nucleotide. Curr. Protocollo. Mol. Biol. Capitolo 21, Unità 21.24.
• Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., e Carroll, J. S. (2013). Lo sviluppo di un metodo basato su CHIP-esonucleasi Illumina fornisce informazioni sulle proprietà di legame del FoxA1-DNA. Genome Biol. 14, R147.
• Venters, BJ, e Pugh, BF (2013). Organizzazione genomica di complessi di iniziazione della trascrizione umana. Natura 502, 53-58.