Cromosoma Conformation Capture

INTRODUZIONE

Cromosoma conformation capture (3C) è una tecnica utilizzata per rilevare l’organizzazione spaziale del DNA cromosomico in cellule fisse. Le sequenze di DNA in prossimità spaziale nel nucleo o impegnate in interazioni fisiche (come quelle tra geni ed elementi regolatori) possono essere valutate quantitativamente per fornire una misura che riflette potenzialmente la loro frequenza di associazione e/o la loro vicinanza. 3C può essere utilizzato per studiare interazioni a lungo raggio tra sequenze di DNA sullo stesso cromosoma (intracromosomiale) o tra cromosomi diversi (intercromosomiale). In breve, i frammenti di cromatina in prossimità sono fissati con formaldeide, seguita dalla digestione con enzimi di restrizione, lisi nucleare, diluizione dei complessi reticolati e legatura intramolecolare. I collegamenti incrociati vengono successivamente rimossi e il DNA viene purificato. La reazione a catena della polimerasi (PCR) viene quindi utilizzata per amplificare frammenti di DNA contenenti nuove giunzioni di legatura utilizzando primer specifici per una coppia di sequenze di DNA in esame. Qui descriviamo un protocollo 3C dettagliato e controlli sperimentali che possono essere applicati per indagare la giustapposizione nucleare di due regioni genomiche, in cis o trans.