Formato di output
Nella pagina dei risultati, per ogni sequenza di query verrà presentato il nome, la lunghezza e il punteggio di output di rete euruale su cui si basa l’assegnazione cTP/non cTP. Più alto è il punteggio, più è certa la reteche questa sequenza contiene un peptide di transito del cloroplasto N-terminale (cTP).Sarà inoltre presentata una potenziale lunghezza del cTP, insieme al corrispondente punteggio del sito di pulizia. Si noti che la previsione della lunghezza del transitopeptide viene eseguita anche se la sua presenza non è prevista.Lo scopo è quello di fornire la massima informazione in casi borderline.
Se viene scelto “Output dettagliato”, verrà presentato anche il punteggio della rete neurale per eachresidue. Più alto è questo punteggio, più è certola rete che questo residuo fa parte di un cTP. Viene anche presentato un derivato del networkscore. Questo punteggio viene utilizzato per trovare l’area in cui viene cercato il sito di lavaggio – vale a dire tra i 40 residui che circondano theresidue con il punteggio derivato più alto. Infine, viene presentato il punteggio del sito di scissione(CS-score) per ciascun residuo. Questo punteggio è calcolato dalla matrice ascoring derivata da un algoritmo di ricerca automatica del motivo chiamato MEME. Il punteggio di cleavagesite è definito in modo che il sito di cleavage previsto sia direttamente terminale del residuo di punteggio più alto entro i 40 residui. Quindi, theremight esistono uno o più CS-score(s) che capita(s) di essere maggiore di thescore della lunghezza cTP proposto, ma dal momento che si trovano al di fuori dei 40residues intorno al punteggio derivato più alto, la lunghezza cTP presentato è stillwhat ChloroP considera come la lunghezza presequence più probabile (vale a dire. corrispondenteal sito di scissione più probabile).
