Identificazione e la caratterizzazione di agrumi giallo vena di rimozione virus, un probabile nuovo membro del genere Mandarivirus
caratteristiche Molecolari e organizzazione genomica sono stati determinati per gli Agrumi giallo vena rimozione virus (CYVCV), il putativo virale agente causale di giallo vena di compensazione malattia di alberi di limone, riportato in Pakistan, in India, e più di recente in Turchia e in Cina. CYVCV isolato Y1 da Adana, Turchia, è stato utilizzato per l’analisi sequenziamento profondo delle piccole frazioni di RNA indotte dal virus e per l’inoculazione meccanica e innesto di piante erbacee e indicatori di agrumi. Un antisiero policlonale è stato sviluppato da CYVCV-Y1 purificato da Phaseolus vulgaris e utilizzato nei saggi western blot per caratterizzare la proteina di rivestimento di CYVCV-Y1 e determinare la sua relazione sierologica con i virus correlati. Contig assemblati dalle letture brevi sequenziate Illumina sono stati utilizzati per costruire l’intero genoma di Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV), costituito da un RNA a senso positivo di 7.529 nucleotidi e contenente sei fotogrammi di lettura aperti previsti. L’organizzazione e le dimensioni del genoma CYVCV assomigliavano a quelle dei flexivirus e la ricerca di omologie di sequenza ha rivelato che il virus indiano citrus ringspot (ICRSV) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) è il virus più strettamente correlato. Tuttavia, CYVCV aveva un’identità di sequenza nucleotidica complessiva di ≈74% con ICRSV. Sebbene i due virus fossero simili per quanto riguarda l’organizzazione del genoma, le particelle virali e la gamma di ospiti erbacei, CYVCV ha causato sintomi diversi negli agrumi ed è stato sierologicamente distinto dall’ICRSV. Le coppie di primer sono state progettate e utilizzate per rilevare il virus mediante la trascrizione inversa convenzionale e quantitativa-reazione a catena della polimerasi su alberi di campo sintomatici di compensazione della vena gialla e piante ospiti innestate e inoculate meccanicamente. Collettivamente, questi dati suggeriscono che CYVCV è l’agente causale della malattia di compensazione della vena gialla e rappresenta una nuova specie nel genere Mandarivirus.
