Coiled coil

Fra Proteopedia

proteopedia linkproteopedia link

en coiled-coil eller superhelix dannes ved å spole to, tre eller fire α-helices sammen. De spiralformede trådene holdes sammen av den hydrofobe kraften som dannes mellom ikke-polare sidekjeder fraforskjellige peptidstrenger. En heptad gjenta mønster av kort kjede hydrofobe rester i den primære strukturen konsekvent bringe disse ikke-polare sidekjeder sammen hver syvende rest. Disse ikke-polare rester fra forskjellige tråder er riktig plassert for å samhandle med hverandre fordi helixen er litt forvrengt ved å være mindre tett såret enn den normale α-helixen, slik at den har en stigning på 0,51 i stedet for 0,54 og det er 3,5 rester per sving i stedet for 3,6. Med denne lille venstrehåndvri til høyrehåndet α-helix er det nøyaktig syv rester per to svinger (2 x 3,5) i den forvrengte α-helixen, og derfor er sidekjedene til heptad-rester på plass for å samhandle med hverandre.

• 1 Kveilet Spole Struktur: Bånd Diagram Av En Kveilet Spole som forekommer i de fibrøse proteiner alfa-Keratin eller tropomyosin.
• 2 De Heptad Gjenta Og Hydrofobe Interaksjoner I Kveilet Spoler.
• 3 Ekstra Illustrasjoner
• 4 Koordinater

Kveilet Spole Struktur: Bånd Diagram Av En Kveilet Spole som forekommer i de fibrøse proteiner alfa-Keratin eller tropomyosin.

(KineMage støttes for øyeblikket ikke)Fibrøse proteiner er for det meste preget av svært repeterende enkle sekvenser som en spolet spole av to alfa-helikser som i keratiner og tropomyosin. Vist her er et bånddiagram over en kveilet spole. En av segmentets to identiske kjeder, “Coil 1”, er gul og den andre, “Coil 2”, er seagreen. N – og C-terminalendene på hvert segment er merket med blå og røde baller. Du kan lett se at proteinet danner en parallell spiralspole: dens komponent alfa-helikser er høyrehendt, men den spiralspolen er venstrehåndet. Se På Views1-3 for å se den spolede spolen fra forskjellige vinkler. Dra ‘zclip’ – lysbildet til venstre og høyre I Visning3 for å se hele eller deler av strukturen. Legg merke til at spiralspolen bare gjør litt mer enn 1/2 sving over en avstand hvor hver alfa-helix gjør ~13 svinger.

Dra musen fra side til side horisontalt over bildet for å se hvordan de to spolene vikles rundt hverandre. Parallelle kveilede spoler forekommer i mange proteiner, inkludert alfa keratin, et fibrøst stressbærende protein som forekommer i pattedyrs hud; tropomyosin og myosin, viktige proteiner i muskel; og de såkalte leucin glidelåssegmentene som tillater dimerisering og dermed aktivering av mange eukaryotiske transkripsjonsfaktorer. Leucin glidelåser skiller seg fra andre 2-helix kveilet spoler bare i at deres d-rester er nesten alltid Leu.

De Heptad Gjenta Og Hydrofobe Interaksjoner I Kveilet Spoler.

(KineMage støttes for øyeblikket ikke)Vist her er strukturen til den spolede spolen i atomisk detalj, men viser bare Cb-atomer av sidekjedene, slik at Du kan se Heptad-Repetisjonen og Hydrofobe Interaksjoner i Spolede Spoler. View1 viser en sentralt plassert 8-rester segment, “Piece-4″ av hver underenhet, med kovalente bindinger Av Coil 1 yellow, De Av Coil 2 greentint, Og Cb atomer representert ved magenta baller. Klikk på knappene” A-Rester “og” d-Rester ” for å se Cb-atomer av a-og d-rester uthevet i grønt og gull.

aminosyresekvensen til polypeptidet utviser en grov heptad-gjentagelse, (a-b-c-d-e-f-g)n, med rester i a-og d-posisjonene som har små hydrofobe sidekjeder(Ala, Val, Leu og Ile). Dette gir en hydrofob stripe på ett ansikt av hver alfa-helix som formidler sin tilknytning til en annen slik helix for å danne en kveilet spole. Den lille uoverensstemmelsen mellom 3, 6 rester per sving av en normal alfa-helix og 3, 5-residur-gjentakelsen av a – og d-rester forårsaker at denne hydrofobe stripen vikler seg om sin alfa-helix i en mild venstrehåndet helix, og derved regner med dannelsen av den venstrehendte spolede spolen.

Gå Til View3 og slå på alle syv” Piece-n ” – knappene for å vise spiralspolen i sidevisning. Her er proteinet representert ved hovedkjeden og Cb-atomer farget som beskrevet ovenfor. View3 gjennom View8 viser kveilet spolen i ulike retninger om sin superhelix akse. Gå Til View1 og dra’ zclip ‘ skyv venstre og høyre for å se hele eller deler av spiralspolen sett langs sin superhelix-akse. Legg merke til hvordan sidekjedene a – og d-rester er pakket langs superhelix-aksen. Nærheten til denne pakningen står for tilstedeværelsen av bare små hydrofobe sidekjeder i disse stillingene; større hydrofobe sidekjeder, De Av Phe og Trp, i disse stillingene ville lirke de to helikser fra hverandre og dermed destabilisere kveilet spolen. Til slutt klikker du på flere Av Cb-atomene som ligger rundt periferien av den spirede spolen for å overbevise deg selv om at disse rester er nesten helt hydrofile i karakter.

Flere Illustrasjoner

To tråder av generell kontrollprotein GCN4 fra bakergær. Vær oppmerksom på den lille spolen i strengene. () Hver syvende rest,, er ikke-polar, og med 3,5 rester per sving er hver heptad-repetisjon justert med den under og over den, så vel som å være i posisjon til å samhandle med heptad-repetisjonen på en annen streng. Ser ned på kontakten. Den av restene som ligger mellom heptad gjentar spiral rundt helixen vekk fra sidekjedene på partnerstrengen, og tillater dermed ikke interaksjoner mellom disse sidekjedene av de to trådene.

Tre kveilede tråder av (1HTM) som er et av de virale proteinene som er immunologisk aktive. Heptrad-repetisjonene av hver streng er vist i .

Fire tråder av det generelle kontrollproteinet som viser på alle fire kjeder.

(CAP; 1G6N. PDB) er et globulært protein som er en viktig regulator av flere aspekter av katabolisme. Legg merke til de to spiralformede spiralene i midten av strukturen. Hver spole er en del av en annen underenhet, og dannelsen av den spolede spolen spiller en sentral rolle i å holde de to underenhetene sammen. Den i hver underenhet er vist i spacefill.

Koordinater

koordinatene For spiralspolen (tropomyosin) ble hentet fra Xiaoling Xia Og Carolyn Cohen, Brandeis University.