Kollagen helix
Glysin, prolin og hydroksyprolin må være i deres utpekte posisjoner med riktig konfigurasjon. For eksempel øker hydroksyprolin I y-posisjonen den termiske stabiliteten til trippelhelixen, men ikke når Den befinner Seg I x-posisjonen. Den termiske stabiliseringen hindres også når hydroksylgruppen har feil konfigurasjon. På grunn av den høye mengden glycin og prolininnhold, unnlater kollagen å danne en vanlig α-helix og β-arkstruktur. Tre venstrehendte spiralformede tråder vri for å danne en høyrehendt trippel helix. En kollagen triple helix har 3,3 rester per sving.
hver av de tre kjedene stabiliseres av sterisk avstøtning på grunn av pyrrolidinringene av prolin-og hydroksyprolinrester. Pyrrolidinringene holder seg unna hverandre når polypeptidkjeden antar denne utvidede spiralformede formen, som er mye mer åpen enn den tett spolede formen av alfa-helixen.De tre kjedene er hydrogen bundet til hverandre. Hydrogenbindingsdonorene er peptid NH-gruppene av glycinrester. Hydrogenbindingsacceptorene er co-gruppene av rester på de andre kjedene. OH-gruppen av hydroksyprolin deltar ikke i hydrogenbinding, men stabiliserer transisomeren av prolin ved stereoelektroniske effekter, og stabiliserer derfor hele trippelhelixen.
stigningen av kollagenhelixen (superhelix) er 2,9 Å (0,29 nm) per rest. Senteret av kollagen triple helix er veldig lite og hydrofobt, og hver tredje rest av helixen må ha kontakt med senteret. På grunn av det svært små og stramme rommet i midten, er bare det lille hydrogenet i glycinsidekjeden i stand til å interagere med senteret. Denne kontakten er umulig selv når en litt større aminosyrerest er tilstede annet enn glycin.
