ChIP-exo

ChIP-exo jest wyspecjalizowaną wersją ChIP używaną do bardzo specyficznego mapowania miejsc wiązania białka zainteresowania (POI) w genomie. ChIP-exo dodaje dodatkowy etap trawienia DNA Do ChIP-seq. Gdy przeciwciało jest związane z kompleksem POI-chromatyny, egzonukleaza 3 ‘ jest używana do trawienia DNA wystającego z miejsca wiązania POI. Zmniejsza to Rozdzielczość z setek nukleotydów do zaledwie jednego (Rhee and Pugh, 2012). Nici 5 ‘ pozostają i są używane do wykrywania regionu za pomocą mikromacierzy, PCR lub najczęściej sekwencjonowania.

główną zaletą tej technologii jest wyraźnie zwiększenie rozdzielczości, ale także redukuje hałas poprzez trawienie zanieczyszczającego DNA, dlatego potrzebna jest mniejsza głębokość sekwencjonowania (Rhee and Pugh, 2012). Ze względu na tę czułość, ChIP-exo został użyty do mapowania nowych miejsc inicjacji transkrypcji i innych badań opartych na odkryciach (Venters and Pugh, 2013). Jedyną prawdziwą wadą jest to, że wszelkie złożone trójwymiarowe interakcje białka są tracone. Na przykład, jeśli czynnik transkrypcyjny jednocześnie wiąże dwa regiony genomowe, będzie to odczytywane jako dwa różne zdarzenia wiążące, a nie jedno.

niedawno ChIP-exo został przystosowany do korzystania ze wspólnej platformy sekwencjonowania Illumina. Ta adaptacja acutally przewyższała ChIP-seq na Illumina we wszystkich metrykach i jest specjalnie zaprojektowana do wydajnych badań na ludziach (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo dodatkowy odczyt

Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2011). Kompleksowe genomowe interakcje białko-DNA wykrywane w rozdzielczości pojedynczego nukleotydu. Cela 147, 1408-1419.

ten artykuł pochodzi z grupy, która opracowała ChIP-exo i szczegółowo opisuje przebieg procesu. Autorzy wykorzystują również technologię do scharakteryzowania wcześniej nieznanych czynników transkrypcyjnych wiążących stie.

lista referencyjna

• Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2012). Metoda ChIP-exo do identyfikacji genomowej lokalizacji białek wiążących DNA z dokładnością zbliżoną do pojedynczego nukleotydu. Curr. Protokół. Mol. Biol. Dział 21, Dział 21.24.
• Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., and Carroll, J. S. (2013). Opracowanie metody Chip-egzonukleazy opartej na Illuminie zapewnia wgląd w właściwości wiązania FoxA1-DNA. Genom Biol. 14, R147.
• Genomowa organizacja ludzkich kompleksów inicjacyjnych transkrypcji. Nature 502, 53-58.