Colony PCR
Colony PCR jest wygodną, wysokoprzepustową metodą określania obecności lub braku wstawionego DNA w konstrukcjach plazmidowych. Poszczególne transformanty mogą być lizowane w wodzie z krótkim etapem ogrzewania lub dodawane bezpośrednio do reakcji PCR i lizowane podczas wstępnego etapu ogrzewania. Ten początkowy etap ogrzewania powoduje uwalnianie plazmidu DNA z komórki, dzięki czemu może służyć jako szablon dla reakcji amplifikacji. Startery zaprojektowane specjalnie do celowania w insert DNA mogą być użyte do określenia, czy konstrukcja zawiera interesujący fragment DNA. Alternatywnie, startery ukierunkowane na wektor DNA flankujący wkład mogą być użyte do określenia, czy wkład jest prawidłowym rozmiarem cząsteczkowym. Startery specyficzne dla wektora mogą dostarczać informacji zarówno na temat swoistości, jak i wielkości wstawianego DNA, podczas gdy zastosowanie starterów specyficznych dla wektora pozwala na badanie przesiewowe wielu konstruktów jednocześnie. Colony PCR może być również używany do określenia orientacji wstawki. Amplifikacja PCR plazmidu przy użyciu podkładu specyficznego dla płytki w połączeniu z podkładem specyficznym dla wektora może być zaprojektowana tak, aby wytworzyć amplikon o określonej wielkości tylko wtedy, gdy wkładka jest w prawidłowej orientacji. We wszystkich eksperymentalnych projektach obecność lub brak amplikonu PCR i wielkość produktu określa się za pomocą elektroforezy obok znacznika wielkości DNA na żelu agarozowym.
