Dr. Chittaranjan Das

głównym celem naszego laboratorium jest zrozumienie funkcjonalnej roli enzymów deubiquitinating (deubiquitinases lub DUBs) w szlakach komórkowych, szczególnie tych związanych z neurodegeneracją (stopniowa utrata neuronów), takich jak choroba Alzheimera (AD) i choroba Parkinsona (PD). Szeroka gama procesów biologicznych jest kontrolowana przez odwracalną, potranslacyjną modyfikację białek przez kowalencyjne przyłączenie ubikwityny, wysoce konserwowanego polipeptydu eukariotycznego z 76-resztkami. Ubikwitynacja może być traktowana jako początek kaskady sygnalizacyjnej (sygnalizacji ubikwityny), która ostatecznie zostaje zakończona przez hydrolityczne usunięcie znacznika ubikwityny przez DUB. Badanie ludzkiego genomu ujawnia obecność około 90 DUBs, sugerując ich udział w szerokiej gamie szlaków biochemicznych. Nasze podejście do badania DUBs opiera się na połączonym zastosowaniu wielu narzędzi, które obejmują syntezę chemiczną sond małocząsteczkowych, krystalografię rentgenowską i proteomikę opartą na spektrometrii masowej.

struktura UCHL1 określona przez krystalografię rentgenowską sugeruje, że enzym może przyjąć dwa stany: stan nieaktywny (w którym reszty katalityczne są niewspółosiowane, pokazane po lewej stronie) i przypuszczalny stan aktywny – w którym pozostałości są wyrównywane przez interakcję białka z nieznanymi kofaktorami. Proponowana metoda identyfikacji kofaktorów UCHL1 poprzez oczyszczanie oparte na aktywności z ekstraktów pełnokomórkowych (po prawej).

obecnie badamy prawidłową funkcję neuronalnej hydrolazy C-końcowej Dub ubikwityny L1 (UCHL1)-związanego z PD,specyficznego dla neuronów białka o nieznanej funkcji fizjologicznej. Nasze wysiłki w tym kierunku mają na celu opracowanie przepuszczalnych dla komórek małocząsteczkowych inhibitorów UCHL1, które mogą być używane do badania jego funkcji (zarówno normalnej, jak i związanej z chorobą), określenia partnerów wiążących przez oczyszczanie oparte na powinowactwie z ekstraktów z całych komórek i zdefiniowanie molekularnej podstawy tego, w jaki sposób naturalnie występujący wariant tego enzymu-w którym Ser w pozycji 18 jest podstawiony przez Tyr (zwany polimorfem S18Y)-zapewnia ochronę przed chorobą Parkinsona (PD). Oprócz UCHL1, prowadzimy również badania strukturalne i mechanistyczne innych pokrewnych enzymów uważanych za zaangażowane w podstawowe procesy biochemiczne, takie jak naprawa DNA, modyfikacja histonów i endocytoza białek błonowych osocza.

Edukacja

• , Indian Institute of Science, 2001
• Postdoctoral Fellow, Harvard Medical School i Brandeis University, 2006

wyróżnienia

• Senior Research Fellowship, University Grants Commission, Indie , 1996

publikacje

Lista publikacji