Genetic Analysis of a Poliovirus/Hepatitis C Virus (HCV) Chimera: Interaction between the Poliovirus Cloverleaf and a Sequence in the HCV 5′ Ntranslated Region Results in a replication fenotyp
streszczenie
wewnętrzne miejsca wejścia rybosomów (Iress) mogą funkcjonować w obcych genomach wirusowych lub w sztucznych mRNA dicistronicznych. Opisujemy interakcję pomiędzy sekwencją specyficzną dla dzikiego typu wirusa zapalenia wątroby typu C (HCV) a 5′-końcową koniczyną poliowirusa (PV) w chimerycznym wirusie PV/HCV (zawierającym IRE HCV), w wyniku czego powstaje fenotyp replikacyjny. Mutacja punktowa w nukleotydzie (nt) 29 lub delecja do nt 40 W nieztranslowanym regionie HCV 5 ‘ zwalniała blok replikacji, dając warianty PV/HCV replikujące do wysokich mian. Przy konstruowaniu dicistronicznych wektorów ekspresyjnych opartych na IRES należy wziąć pod uwagę przypadkowe, acz paraliżujące interakcje między IRES i otaczającym heterologicznym RNA.
wszystkie genomy pikornawirusa zawierają element genetyczny zwany wewnętrznym miejscem wejścia rybosomu (IRES), który umożliwia translację genomowych mRNA wirusa w sposób niezależny od 5′ I cap(5, 12, 13, 16, 20, 25). Podobne elementy genetyczne odkryto również w genomach wirusa zapalenia wątroby typu C (HCV) (24), Hepaciwirusa i wirusowego wirusa biegunki bydła (21), Pestiwirusa z rodziny Flaviviridae. IRESs znajdują się w 5′-końcowym segmencie genomów, gdzie kontrolują inicjację syntezy poliproteiny. Niektóre wirusy insektów RNA, np. plautia staliintestine virus, są jednak wyjątkowe, ponieważ ich koniowate IRES mapują kilka tysięcy nukleotydów poniżej 5′ końca genomu, oddzielając dwa cistrony kodujące dwie różne poliproteiny (23). Interesujące jest to, że wcześniej zaprojektowaliśmy dicistroniczny wirus poliowirusa (PV) poprzez wprowadzenie IRE wirusa zapalenia mózgu i wsierdzia do regionu kodującego poliproteinę PV (16). Genetyczna organizacja tej dicistronicznej PV, która koduje dwie poliproteiny oddzielone elementem IRES, bardzo przypomina wirus jelita P. stali.
elementy IRES są zdefiniowane przez funkcję, a nie przez sekwencję nukleotydów. Rzeczywiście, IRESs PV, pikornawirusa i HCV, flawiwirusa, mają niewiele wspólnego, jeśli w ogóle, sekwencji, ale oba działają jako promotory wewnętrznego wejścia rybosomalnego do inicjacji translacji. Zjawisko to jest najbardziej widoczne w chimerycznych wirusach PV / HCV, w których poznany wirus PV Ire został wymieniony z wirusem HCV (15, 28). Nieoczekiwanie IRES HCV zawiera sekwencję kodonu AUG inicjującą jego poliproteinę (15, 22). W konstruowaniu zdolnego do życia wirusa chimerycznego PV/HCV, do uzyskania zdolnego do życia wirusa konieczna była część sekwencji kodującej białko rdzeniowe (Fig.1, ΔCore) (15). Sekwencja ΔCore prowadzi do powstania poliproteiny fuzyjnej ΔCore/PV, która musi być przetwarzana przez rozszczepianie przez wirusową proteinazę PV 2Apro na złączu ΔCore*1a (Fig. 1) (28). Jednakże wytwarzanie peptydów kodowanych sekwencją rdzeniową w wyniku translacji sekwencji ΔCore nie jest konieczne do funkcjonowania IRE HCV w P / H710-d17* (28). (W poprzednich badaniach P/H710-d17 oznaczano jako P / h701-2A, ponieważ Genom chimeryczny zawierał sekwencję specyficzną dla HCV od nukleotydów 18 do 710 genomu HCV . Numeracja nieotranslowanego regionu HCV 5 ‘w niniejszym artykule jest zgodna z numeracją pełnowymiarowego regionu HCV 5’ NTR .)
