Jaka jest różnica między substancją a Związkiem w PubChem?

użytkownicy PubChem czasami pytają o różnicę między substancją a Związkiem. Pytanie nie jest zaskakujące, ponieważ same nazwy” substancja” i “związek” nie oddają z natury różnicy. W terminologii PubChem substancja jest chemicznym opisem próbki dostarczonym przez jedno źródło, a związek jest znormalizowaną reprezentacją struktury chemicznej znajdującą się w jednej lub więcej wnoszonych substancjach. Rozróżnienie jest ważne, ponieważ PubChem jest zorganizowany w trzech oddzielnych bazach danych: związek, substancja i test biologiczny. Poniższy diagram wyjaśnia różnicę, ale zbadajmy to dalej.

aby zrozumieć różne bazy danych w PubChem, warto wiedzieć, skąd pochodzą informacje. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) jest otwartym archiwum substancji chemicznych i informacji o ich aktywności biologicznej. Dane są dostarczane przez setki autorów (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ sources/), w tym wydawców, naukowców, sprzedawców chemikaliów, firm farmaceutycznych i wielu ważnych zasobów biologii chemicznej. Każde z tych źródeł danych zawiera opis próbek substancji chemicznych, dla których posiada informacje.

PubChem nazywa te podane przez społeczność opisy próbek ” substancjami.”Każdy rekord znaleziony w Bazie Danych substancji PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) zawiera informacje dostarczone przez indywidualnego współpracownika na temat konkretnej substancji chemicznej. Rejestry substancji są niezależne od siebie. Dwie różne rejestry substancji (pochodzące od tych samych lub różnych dostawców) mogłyby dostarczyć różnych informacji na temat tej samej struktury chemicznej. Na przykład, jeden zapis substancji może dać informacje o biologicznej roli aspiryny, podczas gdy inny może dać informacje o próbce klasy badawczej aspiryny. Baza Danych substancji utrzymuje pochodzenie informacji o substancjach chemicznych w PubChem. Pomaga użytkownikom zobaczyć, kto dostarczył co. W rezultacie może istnieć wiele zapisów substancji o danej cząsteczce, co stanowi problem dla użytkowników, którzy są zainteresowani zbiorczym widokiem informacji o cząsteczce. W tym miejscu pojawia się baza danych PubChem Compound (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound).

baza danych związków pochodzi z zawartości struktury chemicznej znalezionej w Bazie Danych substancji. Każda substancja chemiczna jest badana obliczeniowo z szeregiem etapów walidacji i normalizacji. Proces ten powoduje znormalizowaną reprezentację struktury chemicznej dla zapisu substancji. Substancje chemiczne w bazie substancji, które nie są w pełni opisane lub które nie spełniają procedur normalizacji, nie są zawarte w bazie związków. Substancje w bazie substancji, które przechodzą procedury normalizacji struktury chemicznej, są powiązane z rekordem “związku” w bazie związków. Jeśli dwie substancje odnoszą się do tej samej struktury chemicznej, wskazują na ten sam związek. Umożliwia to agregowanie danych pochodzących od różnych dostawców danych dotyczących substancji za pomocą wspólnego złożonego rekordu. Jednakże posiadanie odrębnych rejestrów substancji jest nadal cenne dla użytkowników, którzy na przykład mogą być zainteresowani pochodzeniem substancji lub określonym stanem substancji chemicznej (np. inną formą tautomeryczną). Zasadniczo podstawowym celem bazy PubChem Compound database jest zapewnienie “Nie redundantnego” widoku zawartości składowanej przez deponenta struktury chemicznej przechowywanej w Bazie Danych substancji PubChem.

tak więc, odpowiadając na pytanie postawione na początku, jaka jest różnica między substancją a Związkiem? Substancja to opis próbki substancji chemicznej od konkretnego dostawcy danych PubChem. Związek jest znormalizowaną strukturą chemiczną występującą w jednym lub kilku opisach substancji.

aby przeczytać więcej na ten temat, rozważ zbadanie tych linków:

• PubChem Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ help.html # PubChem_Overview)
• PubChem Substance/Compound Summary Page Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).