Kongeniczne
szczepy Kongeniczne są generowane w laboratorium przez kojarzenie dwóch wsobnych szczepów (Zwykle szczurów lub myszy) i krzyżowanie Potomków 5-10 pokoleń z jednym z oryginalnych szczepów, znanym jako szczep biorcy. Zazwyczaj selekcja dla fenotypu lub genotypu jest przeprowadzana przed każdym pokoleniem back-cross. W ten sposób albo interesujący fenotyp, albo określony region chromosomowy oznaczony przez genotyp, jest przekazywany ze szczepu dawcy na jednorodne tło biorcy. Myszy lub szczury kongeniczne można następnie porównać z czystym szczepem biorcy, aby określić, czy są one fenotypowo różne, jeśli selekcja dotyczy regionu genotypowego, lub w celu zidentyfikowania krytycznego locus genetycznego, jeśli selekcja dotyczy fenotypu.
Speed congenics może być wytwarzany w zaledwie pięciu pokoleniach krzyżujących się wstecz, poprzez selekcję w każdym pokoleniu potomstwa, które nie tylko zachowuje pożądany fragment chromosomu, ale także “traci” maksymalną ilość podstawowej informacji genetycznej ze szczepu dawcy. Jest to również znane jako marker-assisted congenics, ze względu na zastosowanie markerów genetycznych, zazwyczaj markerów mikrosatelitarnych, ale obecnie, częściej, markerów polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNPs). Proces ten może być dodatkowo wspomagany przez superowulację samic, aby wyprodukować o wiele więcej jaj.