Wychwytywanie konformacji chromosomu

wprowadzenie

wychwytywanie konformacji chromosomu (3C) jest techniką stosowaną do wykrywania przestrzennej organizacji chromosomalnego DNA w nieruchomych komórkach. Sekwencje DNA w bliskości przestrzennej w jądrze lub zaangażowane w interakcje fizyczne (takie jak te między genami i elementami regulatorowymi) mogą być oceniane ilościowo w celu zapewnienia miary, która potencjalnie odzwierciedla ich częstotliwość asocjacji i/lub ich bliskość. 3C może być stosowany do badania interakcji dalekiego zasięgu między sekwencjami DNA na tym samym chromosomie (intrachromosomalnym) lub między różnymi chromosomami (interchromosomalnym). Krótko mówiąc, fragmenty chromatyny w pobliżu są utrwalane formaldehydem, a następnie trawienie enzymami restrykcyjnymi, liza jądrowa, rozcieńczenie usieciowanych kompleksów i ligacja wewnątrzcząsteczkowa. Połączenia sieciowe są następnie usuwane, a DNA jest oczyszczane. Następnie stosuje się reakcję łańcuchową polimerazy (PCR) do amplifikacji fragmentów DNA zawierających nowe połączenia ligacji przy użyciu starterów specyficznych dla badanej pary sekwencji DNA. Tutaj opisujemy szczegółowy protokół 3C i kontrole eksperymentalne, które mogą być stosowane do zbadania zestawienia jądrowego dowolnych dwóch regionów genomowych, w cis lub trans.