3.6. Genes com transcrições e com nomes idênticos relatados como tendo 0 contagens mesmo com leituras mapeadas

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O problema

Ao executar o RNA-Seq ferramenta usando o controle de referências e

• usando a opção “Genomas anotada com os genes e as transcrições”, e
• dois ou mais genes tinha o mesmo nome, e
• uma transcrição poderia ser atribuído a cada um destes genes a partir do mRNA faixa

em seguida, o valor na seção “Transcrições anotada” coluna a faixa GE e na faixa TE era 0, e todas as contagens para tais genes foram relatadas como zero, mesmo quando havia leitura mapeamento para eles.Que software e versões são afetadas?

this issue affects:

Which software versions are fixed?

esta edição é fixada no CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 e CLC Genomics Server 8.0.1, lançado em 9 de junho de 2016.

it has also been addressed in the previous release line: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3, and CLC Genomics Server 7.5.3, lançado em 16 de junho de 2016.

as notas de lançamento que descrevem a correção para esta edição podem ser encontradas nas últimas páginas de melhorias para cada produto. Esta correcção específica é descrito da seguinte forma:

Corrigido um problema com o RNA-Seq ferramenta de Análise que pode surgir quando o “Genomas anotada com os genes e as transcrições” opção foi escolhida: Se dois ou mais genes tinha o mesmo nome, e uma transcrição poderia ser atribuído a cada a partir do mRNA pista, então o valor de “Transcrições anotada” coluna na GE pista e na TE faixa foi de 0. Além disso, todas as contagens para tais genes foram relatadas como zero, mesmo quando havia leitura mapeamento para eles.Como posso verificar se a minha análise RNA-Seq foi afetada pela questão?

para saber se a sua análise é afectada:

• ordenar a tabela de faixas TE na coluna: “transcrições anotadas”
• todas as transcrições que tenham 0 nesta coluna são afectadas. Todas as outras transcrições não são afetadas por este bug.

the bug was present at a very late stage in the RNA-Seq algorithm execution, when the calculation results were entered into the table. Os cálculos subjacentes foram feitos corretamente, mas os valores para os nomes dos genes duplicados foram excluídos. Os valores de nonzero que o fizeram na tabela estão corretos e não vai mudar com a correção.

Enquanto transcrições com 0 na seção “Transcrições anotada” coluna (afetada transcrições) muitas vezes ser visto quando usar o versões de software afetado, sob a análise das condições descritas acima, nós não prevemos que será necessário re-executar análises, na maioria dos casos. Apenas um número muito pequeno de genes/transcrições seria geralmente afetado e estes podem não ser genes de interesse para a análise. Por exemplo, em muitos casos, os genes deram o mesmo nome de código para rRNAs, snoRNA e outros RNAs diversos, em vez de mRNAs.
se você vê transcrições afetadas associadas com genes de potencial interesse, então nós recomendamos a repetição da análise usando uma versão do software que inclui uma correção para este problema.