Captura de conformação cromossômica

introdução

captura de conformação cromossômica (3C) é uma técnica usada para detectar a organização espacial do DNA cromossômico em células fixas. As sequências de ADN na proximidade espacial do núcleo ou envolvidas em interacções físicas (tais como as entre genes e elementos regulamentares) podem ser avaliadas quantitativamente para fornecer uma medida que reflicta potencialmente a sua frequência de associação e/ou a sua proximidade. 3C pode ser usado para estudar interações de longo alcance entre sequências de ADN no mesmo cromossoma (intracromosomal) ou entre cromossomas diferentes (permutromossomal). Brevemente, fragmentos de cromatina na proximidade são fixados com formaldeído, seguido de digestão com enzimas de restrição, lise nuclear, diluição dos complexos reticulados e ligação intramolecular. As ligações cruzadas são posteriormente removidas e o ADN é purificado. A reação em cadeia da polimerase (PCR) é então usada para amplificar fragmentos de DNA contendo novas junções de ligação usando iniciadores específicos para um par de sequências de DNA sob investigação. Aqui nós descrevemos um protocolo detalhado 3C e controles experimentais que podem ser aplicados para investigar a justaposição nuclear de quaisquer duas regiões genômicas, em cis ou trans.