ChIP-exo

ChIP-exo é uma versão especializada de ChIP usado para mapear sites de ligação proteína de interesse (POI) no genoma. ChIP-exo adiciona um passo adicional de digestão de DNA para ChIP-seq. Quando o anticorpo se liga ao complexo POI-cromatina, utiliza-se uma exonuclease 3′ para digerir o ADN saliente do local de ligação POI. Isso reduz a resolução de centenas de nucleótidos para um tão pequeno quanto um (Rhee e Pugh, 2012). Os fios de 5′ permanecem, e são usados para detectar a região por microarray, PCR, ou mais comumente sequenciação.

a principal vantagem desta tecnologia é claramente o seu aumento na resolução, mas também reduz o ruído através da digestão de DNA contaminante, portanto menos profundidade de sequenciamento é necessária (Rhee e Pugh, 2012). Devido a esta sensibilidade, ChIP-exo tem sido usado para mapear novos sites de iniciação transcritional e outros estudos baseados em descobertas (Venters e Pugh, 2013). A única desvantagem real é que quaisquer interações tridimensionais complexas da proteína são perdidas. Por exemplo, se um fator de transcrição se liga simultaneamente a duas regiões genômicas, este será lido como dois eventos de ligação distintos, não um.

recentemente, ChIP-exo foi adaptado para usar a plataforma de sequenciação de iluminação comum. Esta adaptação superou largamente o ChIP-seq da ilumina em todas as métricas e foi especialmente concebida para estudos humanos eficientes (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo Leitura Adicional

Rhee, H. S., e Pugh, B. F. (2011). Interacções proteína-ADN em todo o genoma detectadas na resolução de um único nucleótido. Cela 147, 1408-1419.

este artigo é do grupo que desenvolveu ChIP-exo e descreve o fluxo de trabalho do processo em detalhes. Os autores também aplicam a tecnologia para caracterizar sties de ligação de fatores de transcrição previamente desconhecidos.

Lista de Referência

• Rhee, H. S., e Pugh, B. F. (2012). Método ChIP-exo para identificar a localização genómica das proteínas de ligação ao ADN com precisão quase simples dos nucleótidos. Moeda. Protoc. Mol. Biol. Capítulo 21, Unidade 21.24.
• Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., e Carroll, J. S. (2013). O desenvolvimento de um método baseado em ChIP-exonuclease ilumina fornece uma visão sobre as propriedades de ligação do DNA da FoxA1. Genoma Biol. 14, R147.
• Venters, B. J., and Pugh, B. F. (2013). Organização genómica dos complexos de iniciação da transcrição humana. Nature 502, 53-58.