ConSurf

Introdução

ConSurf é uma ferramenta de bioinformática para estimar a evolução de conservação de aminoácidos/ácido nucleico posições em uma proteína/DNA/RNA molécula com base no filogenética relações entre sequências homólogas. O grau em que uma posição de aminoácidos (ou nucleicos) é conservada evolucionariamente é fortemente dependente de sua importância estrutural e funcional; posições em rápida evolução são variáveis enquanto posições em evolução lenta são conservadas. Assim, a análise de conservação de posições entre os membros da mesma família muitas vezes pode revelar a importância de cada posição para a proteína (ou ácido nucleico)’s estrutura ou função.Em ConSurf, a evolução da taxa é estimada com base no parentesco evolutivo entre a proteína (DNA/RNA) e seus homólogos e considerando a similaridade entre aminoácidos (nucléicos) ácidos, como refletido nas substituições matriz. Uma das vantagens de ConSurf em comparação com outros métodos é o cálculo exato da taxa evolutiva usando um método Bayesiano empírico ou um método de probabilidade máxima (ML).

Methodology

Given the amino or nucleic acid sequence (can be extracted from the 3D structure), ConSurf carries out a search for close homologous sequences using BLAST (or PSI-BLAST) . O utilizador pode seleccionar uma das várias bases de dados e especificar critérios para a definição de homólogos. O usuário também pode selecionar as sequências desejadas a partir dos resultados da explosão. As sequências são agrupadas e sequências altamente similares são removidas usando acerto CD. Um alinhamento de sequência múltipla(MSA) das sequências homólogas é construído usando MAFFT,PRANK, T-COFFEE, MUSCLE (default) ou CLUSTALW. O MSA é então usado para construir uma árvore filogenética usando o algoritmo de junção de vizinhos como implementado no programa Rate4Site. As pontuações de conservação específicas da posição são calculadas utilizando os algoritmos empíricos Bayesianos ou ML. As pontuações de conservação contínua são divididas em uma escala discreta de nove graus para visualização, das posições mais variáveis (grau 1) coloridas turquesas, através de posições intermediariamente conservadas (grau 5) coloridas brancas, para as posições mais conservadas (grau 9) coloridas marrons. A conservação pontuações projetadas na proteína/sequência dos nucleotídeos e no MSA