Qual é a diferença entre uma substância e um composto no PubChem?

os utilizadores do PubChem perguntam por vezes sobre a diferença entre uma substância e um composto. A questão não é surpreendente, pois os nomes “substância” e “composto” por si só não transmitem inerentemente a diferença. Na terminologia PubChem, uma substância é uma descrição de uma amostra química fornecida por uma única fonte e um composto é uma representação normalizada da estrutura química encontrada em uma ou mais substâncias contribuídas. A distinção é importante porque o PubChem é organizado em três bancos de dados separados: composto, substância e Bioensaio. O diagrama abaixo explica a diferença, mas vamos explorar mais isso.

para compreender as diferentes bases de dados em PubChem, é útil saber de onde vem a informação. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) é um arquivo aberto de substâncias químicas e informações sobre suas atividades biológicas. Os dados são fornecidos por centenas de colaboradores (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/fontes/), incluindo editores, pesquisadores, vendedores de produtos químicos, empresas farmacêuticas e uma série de importantes recursos de biologia química. Cada uma destas fontes de dados contribui com uma descrição das amostras de substâncias químicas para as quais dispõe de informações.

PubChem chama a estas descrições de amostras fornecidas pela comunidade “substâncias.”Cada registro encontrado na Base de dados de substâncias PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) contém informações fornecidas por um contribuinte individual sobre uma determinada substância química. Os registos de substâncias são independentes uns dos outros. Dois registos de substâncias diferentes (do mesmo fornecedor ou de fornecedores diferentes) podem fornecer informações diferentes sobre a mesma estrutura química. Por exemplo, um registro de substâncias pode dar informações sobre o papel biológico da aspirina, enquanto outro pode dar informações sobre uma amostra de grau de pesquisa de aspirina. A base de dados sobre substâncias mantém a proveniência das informações sobre substâncias químicas no PubChem. Ajuda os usuários a ver quem forneceu o quê. Como resultado, pode haver muitos registros de substâncias sobre uma dada molécula, apresentando um problema para os usuários que estão interessados em uma visão agregada da informação sobre a molécula. É aqui que o banco de dados composto PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound) entra em jogo.

a base de dados composta é derivada do conteúdo da estrutura química encontrado na Base de dados de substâncias. Cada produto químico é computacionalmente examinado com uma série de etapas de validação e normalização. Este processo resulta em uma representação normalizada da estrutura química para um registro de substâncias. As substâncias químicas na Base de dados de substâncias que não são completamente descritas ou que não são os procedimentos de normalização não estão incluídos na Base de dados composta. Essas substâncias no banco de dados de substâncias que passam procedimentos de normalização da estrutura química estão ligadas a um registro” composto ” no banco de dados composto. Se duas substâncias se referem à mesma estrutura química, elas apontam para o mesmo composto. Isso permite que os dados de diferentes fornecedores de dados de substâncias sejam agregados através de um registro composto comum. No entanto, também a existência de registos separados de substâncias ainda é valiosa para os utilizadores, que, por exemplo, podem estar interessados na proveniência de uma substância ou num estado específico da substância química (por exemplo, uma forma tautomérica diferente). Em essência, um dos principais objetivos da Base de dados de compostos PubChem é fornecer uma visão “não redundante” do conteúdo de estrutura química fornecido pelo depositante armazenado na Base de dados de substâncias PubChem.Então, para responder à pergunta colocada no início, Qual é a diferença entre uma substância e um composto? Uma substância é uma descrição de uma amostra de uma substância química fornecida por um determinado fornecedor de dados PubChem. Um composto é uma representação normalizada de estrutura química encontrada em uma ou mais descrições de substâncias.

para ler mais sobre este tópico, por favor considere explorar estas ligações:

• PubChem Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/help.html#PubChem_Overview)
• PubChem Substance/Compound Summary Page Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).