3.6. Gener med transkript och med identiska namn som rapporterats ha 0 räkningar även med mappade läser
home: Viktiga notifikationer problem med att endast påverka versioner av produkter som släppts före juni 2017 gener med transkript och med identiska namn som rapporterats ha 0 räkningar även med mappade läser
frågan
när man kör RNA-Seq verktyget med hjälp av spårbaserade referenser och
- med alternativet “genom kommenteras med gener och transkript”, och
- två eller flera gener hade samma namn och
- ett transkript kan tilldelas var och en av dessa gener från mRNA-spåret
då värdet i kolumnen “transkript annoterade” i GE-spåret och i te-spåret var 0, och alla räkningar för sådana gener rapporterades som noll, även när det fanns läsningar kartläggning till dem.
vilka program och versioner påverkas?
det här problemet påverkar:
vilka programversioner är fixade?
det här problemet är fixat i CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical genomics Workbench 3.0.1 och CLC Genomics Server 8.0.1, släppt den 9 juni 2016.
det har också tagits upp i den tidigare utgåvan: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3 och CLC Genomics Server 7.5.3, släppt 16 juni 2016.
versionsinformationerna som beskriver korrigeringen för det här problemet finns på de senaste Förbättringssidorna för varje produkt. Denna speciella fix beskrivs enligt följande:
Lös ett problem med RNA-Seq-analysverktyget som kan uppstå när alternativet “genomer annoterade med gener och transkript” valdes: om två eller flera gener hade samma namn, och ett transkript kunde tilldelas var och en från mRNA-spåret, då var värdet i kolumnen “transkript annoterade” i ge-spåret och i TE-spåret 0. Dessutom rapporterades alla räkningar för sådana gener som noll, även när det fanns läsningar kartläggning till dem.
Hur kan jag kontrollera om min RNA-Seq-analys har påverkats av problemet?
för att ta reda på om din analys påverkas du:
- Sortera te-spårtabellen i kolumnen:” transkript annoterade”
- alla transkript som har 0 i den här kolumnen påverkas. Alla andra transkript påverkas inte av detta fel.
felet var närvarande vid ett mycket sent stadium i exekveringen av RNA-Seq-algoritmen, när beräkningsresultaten infördes i tabellen. De underliggande beräkningarna gjordes korrekt, men värden för de duplicerade gennamnen uteslöts. De icke-nollvärden som gjorde det i tabellen är korrekta och kommer inte att ändras med fixen.
medan transkript med 0 i kolumnen “transkript annoterade” (påverkade transkript) ofta ses när de drabbade programvaruversionerna används under de analysförhållanden som beskrivs ovan, förutser vi inte att det kommer att bli nödvändigt att köra om analyser i de flesta fall. Endast ett mycket litet antal gener / transkript skulle i allmänhet påverkas och dessa kanske inte är gener av intresse för analysen. Till exempel, i många fall gav gener samma namnkod för rRNA, snoRNA och andra diverse rna, snarare än mRNA.
om du ser påverkade transkript associerade med gener av potentiellt intresse, rekommenderar vi att du kör analysen igen med en version av programvaran som innehåller en lösning för detta problem.
