ChIP-exo

ChIP-exo är en specialiserad version av ChIP som används för att mycket specifikt kartlägga protein av intresse (POI) bindningsställen i genomet. ChIP-exo lägger till ett ytterligare DNA-digestionssteg till ChIP-seq. När antikroppen är bunden till POI-kromatinkomplexet används ett 3′ – exonukleas för att smälta DNA som sticker ut från POI-bindningsstället. Detta minskar upplösningen från hundratals nukleotider till så lite som en (Rhee och Pugh, 2012). 5 ‘ – strängarna förblir och används för att detektera regionen genom mikroarray, PCR eller oftast sekvensering.

den stora fördelen med denna teknik är tydligt dess ökning i upplösning, men det minskar också buller genom att smälta förorenande DNA, därför behövs mindre sekvenseringsdjup (Rhee och Pugh, 2012). På grund av denna känslighet har ChIP-exo använts för att kartlägga nya transkriptionsinitieringsplatser och andra upptäcktsbaserade studier (Venters och Pugh, 2013). Den enda verkliga nackdelen är att alla komplexa tredimensionella interaktioner av proteinet går förlorade. Till exempel, om en transkriptionsfaktor samtidigt binder två genomiska regioner, kommer detta att läsas som två distinkta bindningshändelser, inte en.

nyligen har ChIP-exo anpassats för att använda den vanliga Illumina-sekvenseringsplattformen. Denna anpassning överträffade akut ChIP-seq på Illumina i alla mätvärden och är speciellt utformad för effektiva mänskliga studier (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo Ytterligare läsning

Rhee, HS och Pugh, Bf (2011). Omfattande Genomomfattande protein-DNA-interaktioner detekterade vid Enkelnukleotidupplösning. Cell 147, 1408-1419.

detta dokument är från gruppen som utvecklade ChIP-exo och beskriver arbetsflödet för processen i detalj. Författarna tillämpar också tekniken för att karakterisera tidigare okända transkriptionsfaktorbindande sties.

referenslista

• Rhee, HS och Pugh, Bf (2012). ChIP-exo-metod för att identifiera genomisk placering av DNA-bindande proteiner med nära-singel-nukleotidnoggrannhet. Curr. Protokoll. Mol. Biol. Kapitel 21, Enhet 21.24.
• Serandour, AA, Brown, GD, Cohen, jd och Carroll, JS (2013). Utveckling av en Illumina-baserad ChIP-exonukleasmetod ger insikt i FoxA1-DNA-bindningsegenskaper. Genome Biol. 14, R147.
• Venters, Bj och Pugh, Bf (2013). Genomisk organisation av humana transkriptionsinitieringskomplex. Natur 502, 53-58.