identifiering och karakterisering av citrus yellow vein clearing virus, en förmodad ny medlem av släktet Mandarivirus

molekylära egenskaper och genomisk organisation bestämdes för Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV), det förmodade virala orsakssambandet till yellow vein clearing disease of lemon trees, rapporterade i Pakistan, Indien och mer nyligen i Turkiet och Kina. CYVCV-isolat Y1 från Adana, Turkiet, användes för djup sekvenseringsanalys av de virusinducerade små RNA-fraktionerna och för mekanisk ympning och ympning av örtartade och citrusindikatorväxter. Ett polyklonalt antiserum utvecklades från CYVCV-Y1 renat från Phaseolus vulgaris och användes i western blot-analyser för att karakterisera pälsproteinet av CYVCV-Y1 och bestämma dess serologiska förhållande med relaterade virus. Contigs sammansatta från Illumina sekvenserade korta läsningar användes för att konstruera hela genomet av Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV), bestående av en positiv känsla RNA av 7,529 nukleotider och innehållande sex förutsagda öppna läsramar. CYVCV – genomorganisationen och storleken liknade flexiviruses, och sökandet efter sekvenshomologier avslöjade att indiskt citrus ringspotvirus (ICRSV) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) är det närmaste relaterade viruset. CYVCV hade emellertid en övergripande nukleotidsekvensidentitet på 74% av den totala nukleotidsekvensen med ICRSV. Även om de två virusen var likartade med avseende på genomorganisation, virala partiklar och örtartade värdintervall, orsakade CYVCV olika symtom i citrus och skilde sig serologiskt från ICRSV. Primerpar designades och användes för att detektera viruset genom konventionell och kvantitativ omvänd transkription-polymeraskedjereaktion på gul ven som rensar symptomatiska fältträd såväl som transplantat – och mekaniskt inokulerade värdväxter. Sammantaget tyder dessa data på att CYVCV är orsakssambandet till yellow vein clearing disease och representerar en ny art i släktet Mandarivirus.