komplett Genomsekvens av Clostridium innocuum stam ATCC 14501

meddelande

vi rapporterar den fullständiga genomsekvensen av Clostridium innocuum stam ATCC 14501, som identifierades 1962 efter isolering från en appendiceal abscess (1). Det karakteriserades som en Gram-positiv stång med terminalsporer. Kolonierna var 1,5 till 2,5 mm i diameter, glansiga, vita, upphöjda och icke-hemolytiska. Intraperitoneal inokulering av Odlingens supernatant i möss var icke-patogen. Sedan dess har C. innocuum ansetts vara en godartad gastrointestinal mikroorganism (1).

nu omprövas den patogena potentialen hos C. innocuum. Nyligen rapporterade Chia och kollegor att C. innocuum är den näst vanligaste clostridiala arten som orsakar extraintestinal infektion (2) och är en orsak till en Clostridioides difficile-liknande tarminfektion (3). Dessa isolat var vankomycinresistenta, cytotoxiska mot Vero-och HT-29-celler och enteropatogena hos möss (3). Med denna omprövning av C. innocuum patogenicitet behövs den fullständiga genomsekvensen av stam ATCC 14501.

genomiskt DNA (gDNA) för både Illumina-och Nanopore-bibliotek extraherades med hjälp av BiOstic bacteremia DNA-isoleringssatsen (Qiagen, Germantown, MD) från en nattkultur som odlades anaerobt i tryptisk sojabuljong vid 37 C. långlästa sekvenseringsbibliotek framställdes från oskärmad gDNA med hjälp av ligationssekvenseringssats SQK-LSK109 (Oxford Nanopore, UK) och sekvenserades på Minionplattformen med hjälp av en FLO-MIN106 flödescell. Standardparametrar användes för all programvara om inte annat anges. Guppy v3.4.5 användes för att basera samtal läser med R9.4. 1 hög noggrannhet modell och för att utföra läskvalitet filtrering baserad på Q poäng, demultiplexering och streckkod trimning. Ungefärlig lästäckning var 98 GHz från 19 646 läsningar på totalt 460,0 Mbp. Det lästa N50-värdet var 22 933 nukleotider och L50-värdet var 7 784 läsningar. Nanopore läs kvalitet utvärderades med pycoQC v2.5.0.21 (4).

Kortlästa sekvenseringsbibliotek framställdes från gDNA med hjälp av Nextera XT-kit (Illumina, San Diego, CA) och sekvenserades på Illumina MiSeq-plattformen med hjälp av en v3-flödescell för att ge 482,327-par av 301-bp-läsningar. Sekvenseringsadaptrar trimmades från läsningar på instrumentet för att generera 196,3 Mbp sekvens, med en ungefärlig genomtäckning på 42 kcal. Illumina läs kvalitet utvärderades med FastQC v0.11. 2 (5). För att minimera falskt positiva variantsamtal i inriktningar utfördes ingen kvalitetstrimning av Illumina-läsningar (6).

genomet monterades med Nanopore läser passerar Q poäng filtrering med Flye v2. 6 att generera en enda 4.30-Mb contig (7). Adaptertrimmade Illumina-läsningar anpassades till enheten med BWA v0.7.17, och monteringsfel korrigerades med Pilon v1.23 Med en –mindepth-inställning på 0,1 (8, 9). Seriell avläsning och Pilonkorrigering utfördes tre gånger tills inga ytterligare monteringskorrigeringar genererades. Anpassad programvara (Pilon Tools v0.1) (https://github.com/egonozer/pilon_tools) användes för att identifiera, manuellt bedöma och korrigera eventuella kvarvarande homopolymermonteringsfel. Cirkulator v1. 5.5 användes för att säkerställa cirkularisering av kromosomen genom att trimma överlappande ändar och rotera till början av dnaA-genen (10). Slutmonteringen är en enda kromosomal sekvens med en längd av 4 718 906 bp och ett GC-innehåll på 43,6%. Annotation utfördes med användning av NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) v4.11 (11, 12).