Kromosomkonformationsfångst

introduktion

Kromosomkonformationsfångst (3C) är en teknik som används för att detektera den rumsliga organisationen av kromosomalt DNA i fasta celler. DNA-sekvenser i rumslig närhet i kärnan eller engagerade i fysiska interaktioner (såsom de mellan gener och regulatoriska element) kan bedömas kvantitativt för att ge ett mått som potentiellt återspeglar deras associeringsfrekvens och/eller deras närhet. 3C kan användas för att studera långväga interaktioner mellan DNA-sekvenser på samma kromosom (intrachromosomal) eller mellan olika kromosomer (interchromosomal). Kortfattat fixeras kromatinfragment i närheten med formaldehyd, följt av digestion med restriktionsenzymer, kärnlys, utspädning av de tvärbundna komplexen och intramolekylär ligering. Tvärbindningarna avlägsnas därefter och DNA renas. Polymeraskedjereaktion (PCR) används sedan för att amplifiera DNA-fragment som innehåller nya ligationskorsningar med användning av primrar specifika för ett par DNA-sekvenser som undersöks. Här beskriver vi ett detaljerat 3C-protokoll och experimentella kontroller som kan tillämpas för att undersöka kärnkompositionen av två genomiska regioner, i cis eller trans.