Tolka kvantitativ Cytomegalovirus DNA-testning: förstå Laboratorieperspektivet | Jiotower
analytiska Testegenskaper
det finns prestandaegenskaper för virusbelastningstester som måste förstås för att korrekt använda och tolka testresultat. Dessa inkluderar detektionsgränsen (LOD), nedre och övre LOQ, linjärt intervall, precision (reproducerbarhet) och noggrannhet. LOD, definierad som den lägsta koncentrationen av DNA som kan detekteras i 95% av replikaten, används vanligtvis för kvalitativa molekylära tester; termen kan emellertid också tillämpas på kvantitativa virusbelastningstester. De övre och nedre LOQs är de högsta och lägsta koncentrationerna av DNA som kan kvantifieras med “acceptabel precision” . För närvarande finns det ingen överenskommen definition för “acceptabel precision”; därför definierar enskilda laboratorier detta lokalt. Det sätt på vilket” acceptabel precision ” definieras kan i hög grad påverka LOQ. LOD kan motsvara den lägre LOQ eller den kan vara lägre än den lägre LOQ. I den senare situationen kan testet detektera CMV-DNA, men värdet kan inte kvantifieras exakt. I dessa fall kan laboratoriet rapportera resultatet som “upptäckt men under LOQ”; vissa laboratorier rapporterar detta som “lågt positivt.”Laboratoriet ska kunna tillhandahålla både LOD och LOQ; till exempel i vårt laboratorium är LOD för CMV-virusbelastningstestet 100 kopior/mL, medan LOQ är 300 kopior/mL. Efter samråd med kliniker fattades beslutet att rapportera värden på 100-300 kopior/mL som “låga positiva” resultat, medan de >300 kopior/mL rapporteras som ett heltal.
även om mycket känsliga molekylära tester ofta är viktiga för detektering av infektiösa patogener, kan detta inte vara fallet för CMV-DNA-test. Den kliniska betydelsen av låga nivåer av CMV-DNA (< 100-500 kopior/mL) kan vara svår att tolka, särskilt om helblodsprover testas, eftersom låga nivåer av CMV-DNA i helblod eller plasma inte alltid korrelerar med sjukdomsutvecklingen. Vissa studier har gjorts för att bestämma tröskeln för behandling, inklusive en naturhistorisk studie av CMV-sjukdom hos levertransplantationsmottagare . Med hjälp av COBAS Amplicor Monitor-testet (Roche Molecular Diagnostics) visade författarna att ett virusbelastningsvärde på 2000-5000 kopior/mL korrelerade med utvecklingen av endorgansjukdom. Detta gränsvärde är testberoende och kan vara högre eller lägre för andra ldt. Studier har också visat att både virusbelastningsvärdet och förändringshastigheten i virusbelastningen är viktiga prediktorer för utvecklingen av aktiv sjukdom . Ju snabbare ökningstakten i virusbelastningsvärdet desto större är risken för att utveckla CMV-sjukdom. När tester har kalibrerats med den internationella standarden kan en universell kliniskt relevant LOD och lägre LOQ identifieras. Baserat på tillgängliga data och erfarenheter kan 250-500 IE/mL vara en lämplig LOD och/eller lägre LOQ.
med tanke på att de flesta LDTs använder realtidspolymeraskedjereaktionsteknologier är det linjära intervallet av CMV-virusbelastningstester vanligtvis minst 6 log10; till exempel kan testet detektera från 2,0 log10 kopior/mL (100 kopior/mL) till 7,0 log10 kopior/mL (10 miljoner kopior/mL). En granskning av CMV-virusbelastningstest som utfördes 2009 vid Emory Medical Laboratories visade att av de cirka 8500 CMV-DNA-virusbelastningstester som utfördes på plasmaprover var 671 (7, 9%) positiva. Av dessa var 394 (58,7%) <1000 kopior/mL, 169 (25,2%) mellan 1000 och 10 000 kopior/mL och 63 (9,4%) mellan 10 000 och 100 000 kopior/mL. Dessutom hade 45 (6, 7%) en CMV-DNA-virusbelastning på >100 000 kopior/mL. Även om låga virusbelastningsvärden är vanliga är deras kliniska betydelse oklar. Mycket höga virusbelastningsvärden är ovanliga och, när de förekommer, ses vanligtvis hos immunsupprimerade patienter med primär CMV-infektion eller hos dem med mycket allvarlig sjukdom. Eftersom virusbelastningsvärden så höga som 10 miljoner kan vara närvarande hos vissa individer, bör den övre gränsen för kvantifiering av ett test ligga inom detta område.
tolkningen av viktiga skillnader i longitudinella virusbelastningsvärden hos en enskild patient kräver en förståelse för testets precision eller Reproducerbarhet. Typiskt är variationen i virusbelastningstester störst nära den nedre och övre LOQ och lägst i analysens mittområde. Som ett resultat är små förändringar i låga virusbelastningsvärden inte signifikanta; till exempel finns ingen tydlig skillnad mellan resultat hos en patient i vilken virusbelastningsvärdet har ökat från 200 kopior/mL till 500 kopior/mL eftersom denna skillnad ligger inom analysens variabilitet. De mest användbara uppgifterna om kliniskt viktiga förändringar i virusbelastningsvärden kommer från erfarenhet av HIV-1. För dessa FDA-godkända tester varierar testets variabilitet från 0,1 log10 kopior/mL till 0,2 log10 kopior/mL, jämfört med den biologiska variationen som observerats hos kroniskt infekterade obehandlade individer, vilket är cirka 0,3 log10 kopior/mL. Därför antas förändringar i viral belastning på > 0,5 log10 kopior/mL representera biologiskt viktiga förändringar i viral replikation. Även om 0,5-log10 kopior/mL-värdet har antagits allmänt för användning med många andra virala patogener, kan det inte vara korrekt för CMV. Eftersom den biologiska variationen av CMV inte är känd har viktiga förändringar i virusbelastningsvärden historiskt bedömts baserat endast på testvariationen. Ytterligare arbete med HIV-1 visade att testets SD behövde vara 0, 15 log10 kopior/ml för att urskilja 5-faldiga förändringar i virusbelastningsvärden . För CMV LDTs förväntas variationen i analysen inte vara bättre än vad som ses för FDA-godkända HIV-1-virusbelastningstester och det kan mycket väl vara högre, särskilt nära den lägre LOQ . Vid detektering av CMV-virusbelastningsvärden på <1000 kopior/mL ändras därför <5 gånger (0.7 log10) kommer sällan att återspegla kliniskt viktiga förändringar i viral replikation. För värden >1000 kopior/mL kan 3-faldiga (0, 5 log10) förändringar i virusbelastning vara signifikanta, även om detta kan skilja sig mellan ldt. Vissa centra rapporterar virusbelastningar som kopior / mL och som log10 kopior/mL eftersom kliniker kan vara mindre benägna att övertolka små förändringar i virusbelastningsvärden när de uttrycks som log10-värden.
ett baslinjeprov för virusbelastningstestning bör samlas in dagen CMV-behandling initieras, även om CMV-virusbelastningstestningen utfördes några dagar tidigare. Snabba ökningar av CMV-virusbelastningar kan inträffa under några dagar hos patienter med obehandlad sjukdom, vilket gör det viktigt att ha CMV-virusbelastningsvärdet vid behandlingstillfället. Om virusbelastningsvärdena överstiger den övre LOQ, rekommenderas att laboratoriet spädar provet för att bestämma det faktiska virusbelastningsvärdet. När behandlingen har initierats är det ideala intervallet för övervakning varje vecka eftersom halveringstiden för CMV-DNA i plasma är 3-8 dagar . En annan anledning till att använda detta intervall är att det inte är ovanligt att CMV-DNA-virusbelastningen ökar hos en patient några dagar efter behandlingsstart, och detta kan misstolkas som behandlingssvikt. Eftersom patienter med ihållande DNA i plasma eller helblod har ökad risk för återfall , rekommenderar nuvarande riktlinjer att fortsätta antiviral terapi tills virusbelastningsvärden inte kan upptäckas. Vissa patienter har ihållande låga nivåer av CMV-DNA i plasma eller helblod och utvecklar aldrig CMV-sjukdom eller återfall. Hos dessa individer är det mer användbart att följa trender i virusbelastningsvärden över tid än att bedöma betydelsen av ett givet virusbelastningsvärde. Virala belastningsmönster som är oroliga för läkemedelsresistenta virus inkluderar de som inte minskar efter 2 veckors adekvat terapi , De med en platå i graden av virusbelastningsnedgång och de som har en initial droppe och sedan en efterföljande ökning av virusbelastningen under behandling. Dessa patienter bör utvärderas för resistent virus genom att sekvensera UL97-och / eller UL54-generna (polymeras) direkt från ett plasmaprov.
CMV DNA-virusbelastningstester är utformade så att de inte korsreagerar med andra herpesvirus. I en immunkomprometterad patient återspeglar detektion av 2 herpesvirus, till exempel CMV och Epstein-Barr-virus, reaktivering av båda virusen och beror inte på korsreaktivitet.
