Vad är skillnaden mellan ett ämne och en förening i PubChem?

PubChem-användare frågar ibland om skillnaden mellan ett ämne och en förening. Frågan är inte förvånande eftersom namnen” substans “och” förening ” ensam inte i sig förmedlar skillnaden. I PubChem-terminologi är ett ämne en kemisk provbeskrivning som tillhandahålls av en enda källa och en förening är en normaliserad kemisk strukturrepresentation som finns i en eller flera bidragna ämnen. Skillnaden är viktig eftersom PubChem är organiserad i tre separata databaser: förening, substans och bioanalys. Diagrammet nedan förklarar skillnaden, men låt oss undersöka detta ytterligare.

för att förstå de olika databaserna i PubChem är det bra att veta var informationen kommer ifrån. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) är ett öppet arkiv med kemiska ämnen och information om deras biologiska aktiviteter. Data tillhandahålls av hundratals bidragsgivare (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/källor/), inklusive utgivare, forskare, kemiska leverantörer, läkemedelsföretag och ett antal viktiga kemiska biologiska resurser. Var och en av dessa datakällor bidrar med en beskrivning av kemiska ämnesprover för vilka de har information.

PubChem kallar dessa samhällstillhandahållna provbeskrivningar ” ämnen.”Varje post som finns i PubChem Substance database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) innehåller information från en enskild bidragsgivare om ett visst kemiskt ämne. Ämnesregister är oberoende av varandra. Två olika ämnesregister (från samma eller olika leverantörer) kan ge olika information om samma kemiska struktur. Till exempel kan en substansrekord ge information om aspirins biologiska roll, medan en annan kan ge information om ett prov av aspirin i forskningsklass. Ämnesdatabasen upprätthåller ursprunget för information om kemiska ämnen i PubChem. Det hjälper användarna att se vem som tillhandahöll vad. Som ett resultat kan det finnas många substansposter om en given molekyl, som presenterar ett problem för användare som är intresserade av en aggregerad bild av information om molekylen. Det är här PubChem Compound database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound) spelar in.

Föreningsdatabasen härrör från innehållet i den kemiska strukturen som finns i Ämnesdatabasen. Varje kemikalie undersöks beräkningsmässigt med en serie validerings-och normaliseringssteg. Denna process resulterar i en normaliserad representation av den kemiska strukturen för en substansrekord. Kemiska ämnen i Ämnesdatabasen som inte är fullständigt beskrivna eller som misslyckas med normaliseringsprocedurer ingår inte i Föreningsdatabasen. De ämnen i Ämnesdatabasen som klarar normaliseringsförfaranden för kemisk struktur är kopplade till en “förening” – post i Föreningsdatabasen. Om två ämnen hänvisar till samma kemiska struktur, pekar de på samma förening. Detta gör att data från olika Ämnesdataleverantörer kan aggregeras genom en gemensam sammansatt post. Att ha separata ämnesregister är dock fortfarande värdefullt för användare, som till exempel kan vara intresserade av ett ämnes ursprung eller ett visst tillstånd i kemikalien (t.ex. en annan tautomerisk form). I huvudsak är ett primärt syfte med PubChem Compound database att tillhandahålla en” icke-redundant ” bild av innehållet i den kemiska struktur som lagras i PubChem Substance database.

så, för att svara på frågan som ställdes i början, vad är skillnaden mellan ett ämne och en förening? Ett ämne är en bidragen kemisk substans provbeskrivning från en viss PubChem dataleverantör. En förening är en normaliserad kemisk strukturrepresentation som finns i en eller flera bidragna substansbeskrivningar.

för att läsa mer om detta ämne, vänligen överväga att utforska dessa länkar:

• PubChem hjälp (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ hjälp.html # PubChem_Overview)
• PubChem ämne/sammansatt sammanfattning sida hjälp (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).