Stočená cívka

tento pododdíl sekce “rodina a domény” označuje polohy oblastí stočené cívky v proteinu.

Svinuté cívky jsou postaveny u dvou nebo více alfa-šroubovice, které vítr kolem sebe tvořit supercoil. Ve svazku mohou být dvě, tři nebo čtyři šroubovice a mohou buď běžet ve stejném (paralelním) nebo v opačném (antiparalelním) směru.

V podstatě svinuté cívky jsou postaveny ze sekvence prvků, tří a čtyř zbytků, jejichž hydrofobicita vzor a zbytek složení je kompatibilní se strukturou amphipathic alfa-šroubovice. Střídavé tři a čtyři prvky sekvence reziduí tvoří opakování heptadu, ve kterých jsou aminokyseliny označeny jako A”, “b”, “c”, “d”, “e”, ” f ” A “g”. Zbytky v pozicích ” a ” a ” d ” jsou většinou hydrofobní a tvoří cik-cak vzor knoflíky a díry, které interlock s podobným vzorem na další pramen tvoří přiléhavé hydrofobní jádro. Ze zbývajících reziduí se obvykle účtují “b”, ” c ” a “f”. Tvorba heptadu proto závisí na fyzikálních vlastnostech hydrofobity a náboje, které jsou vyžadovány v určité poloze, nikoli na konkrétní aminokyselině.

příklady proteinů s vinutými oblastmi cívky zahrnují myosiny, tropomyosiny a mezilehlá vlákna.

v UniProtKB / Swiss-Prot anotujeme stočené cívky předpovídané pomocí cívkového programu Lupas. Minimální velikost pro předpokládané stočené cívky je 28 aminokyselin. Tam, kde jsou dvě stočené cívky odděleny vzdáleností menší než 25 aminokyselin, jsou sloučeny za vzniku jediné stočené cívky. Stočené cívky jsou obvykle anotovány důkazy “sekvenční analýzy”, i když jsou experimentálně prokázány, protože jejich přesné hranice nebyly ve většině případů stanoveny.
Příklady: O15697, Q9Y2D8, O97593

Svinuté cívky a Leucin-zipy

Leucin-zipy představují podtyp vinuté cívky, ve kterém aminokyselina leucin je převládající v ” d ” pozice heptad opakovat. Mohou být kratší než 28 aminokyselin. Když noviny existence leucin-zipper, obvykle komentovat to jako svinuté cívky, pokud navrhované leucin-zipper je prokázáno, že být důležité pro funkci proteinu. V takovém případě označíme leucin-zip v podsekci “domény a opakování”.
příklady: P18289, P15407

v UniProtKB / TrEMBL jsou vinuté oblasti cívek automaticky anotovány pomocí modulu sekvenční anotace pomocí cívek.

související klíčové slovo:
Coiled coil