Coiled coil
dette underavsnittet i’ Familie og domener ‘ – delen angir posisjonene til regioner av coiled coil i proteinet.
Coiled spoler er bygget av to eller flere alfa-helices som vind rundt hverandre for å danne en supercoil. Det kan være to, tre eller fire helikser i bunten, og de kan enten kjøre i samme (parallelle) eller i motsatt (antiparallell) retninger.
i hovedsak er spolede spoler bygget av sekvenselementer av tre og fire rester hvis hydrofobicitetsmønster og restblanding er kompatibel med strukturen av amfipatiske alfa-helikser. De vekslende tre og fire rester sekvens elementer utgjør heptad gjentar der aminosyrene er betegnet a’, ‘b’, ‘c’, ‘d’, ‘e’, ‘ f ‘ og ‘g’. Rester i posisjonene ‘ a ‘ og ‘ d ‘ er generelt hydrofobe og danner en sikk-sakk mønster av knotter og hull som interlock med et lignende mønster på en annen tråd for å danne en tettsittende hydrofobe kjerne. Av de gjenværende rester,’ b’,’ c’, og’ f ‘ tendens til å bli belastet. Derfor er dannelsen av heptad repeat avhengig av de fysiske egenskapene til hydrofobicitet og ladning som kreves i en bestemt posisjon, ikke på en bestemt aminosyre.
Eksempler på proteiner med spiralregioner inkluderer myosiner, tropomyosiner og mellomliggende filamenter.
I UniProtKB/Swiss-Prot, annoterer vi spolede spoler spådd ved Hjelp Av SPOLEPROGRAMMET Til Lupas. Minimumsstørrelsen for spådde spiralspoler er 28 aminosyrer. Der to kveilet spoler er atskilt med en avstand mindre enn 25 aminosyrer de er slått sammen for å danne en enkelt kveilet spole. Coiled spoler er vanligvis annotert med ‘Sekvensanalyse’ bevis selv når de er bevist eksperimentelt siden deres presise grenser ikke er bestemt i de fleste tilfeller.
Eksempler: O15697, Q9Y2D8, O97593
Kveilede spoler og Leucin-glidelåser
Leucin-glidelåser utgjør en undertype av kveilet spole der aminosyren leucin er dominerende i ‘d’ posisjon av heptad gjenta. De kan være kortere enn 28 aminosyrer. Når et papir rapporterer eksistensen av en leucin-glidelås, annoterer vi vanligvis dette som en spiralspole, med mindre den foreslåtte leucin-glidelåsen er vist å være viktig for proteinets funksjon. I så fall annoterer vi leucin-glidelåsen i underdelen’ Domains and repeats’.
Eksempler: P18289, P15407
I UniProtKB/TrEMBL, er kveilet coil regioner annotert automatisk av vår sekvens merknad modul ved HJELP AV SPOLER.
Relatert nøkkelord:
Kveilet spole
