Bobine enroulée
Cette sous-section de la section “Famille et domaines” désigne les positions des régions de bobine enroulée au sein de la protéine.
Les bobines enroulées sont construites par deux hélices alpha ou plus qui s’enroulent l’une autour de l’autre pour former une surfusion. Il peut y avoir deux, trois ou quatre hélices dans le faisceau et elles peuvent s’exécuter dans les mêmes directions (parallèles) ou dans les directions opposées (antiparallèles).
En substance, les bobines enroulées sont constituées d’éléments séquentiels de trois et quatre résidus dont le motif d’hydrophobie et la composition des résidus sont compatibles avec la structure des hélices alpha amphipathiques. Les trois et quatre éléments de séquence de résidus alternés constituent des répétitions d’heptades dans lesquelles les acides aminés sont désignés a’, ‘b’, ‘c’, ‘d’, ‘e’, ‘f’ et ‘g’. Les résidus dans les positions “a” et “d” sont généralement hydrophobes et forment un motif en zigzag de boutons et de trous qui s’emboîtent avec un motif similaire sur un autre brin pour former un noyau hydrophobe bien ajusté. Parmi les résidus restants, “b”, “c” et “f” ont tendance à être chargés. Par conséquent, la formation de la répétition de l’heptade dépend des propriétés physiques de l’hydrophobicité et de la charge requises à une position particulière, et non sur un acide aminé spécifique.
Les myosines, les tropomyosines et les filaments intermédiaires sont des exemples de protéines à régions enroulées.
Dans UniProtKB/Swiss-Prot, nous annotons les bobines enroulées prédites à l’aide du programme de BOBINES de Lupas. La taille minimale pour les bobines enroulées prévues est de 28 acides aminés. Lorsque deux bobines enroulées sont séparées d’une distance inférieure à 25 acides aminés, elles sont fusionnées pour former une seule bobine enroulée. Les bobines enroulées sont généralement annotées avec les preuves de “l’analyse de séquence” même lorsqu’elles sont prouvées expérimentalement car leurs frontières précises n’ont pas été déterminées dans la plupart des cas.
Exemples: O15697, Q9Y2D8, O97593
Bobines enroulées et fermetures à glissière à leucine
Les fermetures à glissière à leucine constituent un sous-type de bobines enroulées dans lesquelles l’acide aminé leucine est prédominant en position “d” de la répétition de l’heptade. Ils peuvent être plus courts que 28 acides aminés. Lorsqu’un article signale l’existence d’une fermeture éclair à la leucine, nous l’annotons généralement comme une bobine enroulée, à moins que la fermeture éclair à la leucine proposée ne s’avère importante pour la fonction de la protéine. Dans ce cas, nous annotons la leucine-zipper dans la sous-section “Domaines et répétitions”.
Exemples: P18289, P15407
Dans UniProtKB/Trembll, les régions de bobines enroulées sont annotées automatiquement par notre module d’annotation de séquence à l’aide de BOBINES.
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