Coiled coil

dette underafsnit af afsnittet ‘familie og domæner’ angiver positionerne for regioner af coiled coil inden for proteinet.

oprullede spoler er bygget af to eller flere alfa-helices, der vikles rundt om hinanden for at danne en superspole. Der kan være to, tre eller fire spiraler i bundtet, og de kan enten løbe i samme (parallelle) eller i modsatte (antiparallelle) retninger.

i det væsentlige er oprullede spoler bygget af sekvenselementer af tre og fire rester, hvis hydrofobicitetsmønster og restsammensætning er kompatibel med strukturen af amfipatiske alfa-helices. De skiftende tre og fire restsekvenselementer udgør heptad-gentagelser, hvor aminosyrerne betegnes a’,’b’,’c’,’d’,’e’,’f’ og ‘g’. Rester i positionerne ‘a’ og ‘ d ‘ er generelt hydrofobe og danner et sikringsmønster af knapper og huller, der låses sammen med et lignende mønster på en anden streng for at danne en tæt passende hydrofob kerne. Af de resterende rester,’ b’,’ c ‘og’ f ‘ tendens til at blive opkrævet. Derfor afhænger dannelsen af heptad-gentagelse af de fysiske egenskaber ved hydrofobicitet og ladning, der kræves i en bestemt position, ikke på en specifik aminosyre.

eksempler på proteiner med oprullede spiralregioner inkluderer myosiner, tropomyosiner og mellemliggende filamenter.

i UniProtKB/Svejseprot kommenterer vi spiralformede spoler, der er forudsagt ved hjælp af LUPAS-SPOLEPROGRAMMET. Minimumsstørrelsen for forudsagte oprullede spoler er 28 aminosyrer. Hvor to oprullede spoler adskilles med en afstand mindre end 25 aminosyrer, flettes de til dannelse af en enkelt oprullet spole. Coiled spoler er normalt kommenteret med’ sekvensanalyse ‘ beviser, selv når de er bevist eksperimentelt, da deres præcise grænser ikke er blevet bestemt i de fleste tilfælde.
eksempler: O15697, 9Y2D8, O97593

oprullede spoler og leucin-lynlåse

leucin-lynlåse udgør en undertype af oprullet spole, hvor aminosyren leucin er fremherskende ved ‘D’ – positionen for heptad-gentagelsen. De kan være kortere end 28 aminosyrer. Når et papir rapporterer eksistensen af en leucin-lynlås, kommenterer vi normalt dette som en oprullet spole, medmindre den foreslåede leucin-lynlås viser sig at være vigtig for proteinets funktion. I så fald kommenterer vi leucin-lynlåsen i underafsnittet ‘domæner og gentagelser’.
eksempler: P18289, P15407

i UniProtKB/TrEMBL kommenteres spiralområder automatisk af vores sekvensnotationsmodul ved hjælp af spoler.

relateret nøgleord:
oprullet spole