Articlesle complexe d’espèces de Colletotrichum gloeosporioides
La limite du complexe d’espèces de Colletotrichum gloeosporioides est définie génétiquement, sur la base d’un clade fortement soutenu au sein de l’arbre génétique de Colletotrichum ITS. Tous les taxons acceptés au sein de ce clade sont morphologiquement plus ou moins typiques du C. gloeosporioides largement défini, tel qu’il est appliqué dans la littérature depuis 50 ans. Nous acceptons 22 espèces plus une sous-espèce au sein du complexe de C. gloeosporioides. Ceux-ci incluent C. C. cordylinicola, C. fructicola, C. gloeosporioides, C. horii, C. kahawae subsp. les taxons décrits ici comme nouveaux, C. aenigma, C. aeschynomenes, C. alatae, C. alienum, C. aotearoa, C. clidemiae, C. kahawae subsp. ciggaro, C. salsolae et C. ti, plus le nom. nov. C. queenslandicum (pour C. gloeosporioides var. moins). Tous les taxons sont définis génétiquement sur la base de phylogénies multi-gènes. De brèves descriptions morphologiques sont fournies pour les espèces pour lesquelles aucune description moderne n’est disponible. De nombreuses espèces ne peuvent pas être distinguées de manière fiable en utilisant ITS, le gène de code à barres officiel pour les champignons. Un ensemble d’espèces génétiquement proches de C. musae et un autre ensemble d’espèces génétiquement proches de C. kahawae, appelés ici clade Musae et clade Kahawae, sont particulièrement problématiques. Chaque clade contient plusieurs espèces qui sont phylogénétiquement bien supportées dans les analyses multi-gènes, mais au sein des clades, les longueurs de branches sont courtes en raison du petit nombre de caractères phylogénétiquement informatifs, et dans quelques cas, les arbres génétiques individuels sont incongrus. Certains gènes uniques ou combinaisons de gènes, tels que la glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase et la glutamine synthétase, peuvent être utilisés pour distinguer de manière fiable la plupart des taxons et devront être développés comme codes-barres secondaires pour l’identification au niveau des espèces, ce qui est important car bon nombre de ces champignons ont une importance pour la biosécurité. En plus des espèces acceptées, des notes sont fournies pour les noms où une éventuelle relation étroite avec C. gloeosporioides sensu lato a été suggérée dans la littérature récente, ainsi que tous les taxons et formae speciales sous-spécifiques au sein de C. gloeosporioides et son téléomorphe putatif Glomerella cingulata.
Nouveautés taxonomiques: Remplacement du nom – C. queenslandicum B. Weir & P.R. Johnst. Nouvelle espèce – C. aenigma B. Weir & P.R. Johnst., C. aeschynomenes B. Weir & P.R. Johnst., C. alatae B. Weir & P.R. Johnst., C. alienum B. Weir & P.R. Johnst, C. aotearoa B. Weir & P.R. Johnst., C. clidemiae B. Weir & P.R. Johnst., C. salsolae B. Weir & P.R. Johnst., C. ti B. Weir & P.R. Johnst. Nouvelle sous-espèce – C. kahawae subsp. ciggaro B. Weir & P.R. Johnst. Typification: Épitypification – C. queenslandicum B. Weir & P.R. Johnst.
