Opgerolde spoel
deze subsectie van de afdeling “familie en domeinen” verwijst naar de posities van gebieden van opgerolde spoel binnen het eiwit.
opgerolde spoelen worden gevormd door twee of meer alfaschroeven die om elkaar heen winden om een supercoil te vormen. Er kunnen twee, drie of vier helices in de bundel zitten en ze kunnen in dezelfde (parallel) of in de tegenovergestelde (antiparallel) richtingen lopen.In essentie zijn opgerolde spoelen opgebouwd uit sequentieelementen van drie en vier residuen waarvan het hydrofobiciteitspatroon en de residusamenstelling verenigbaar zijn met de structuur van amfipathische Alfa-helices. De afwisselende drie en vier residusequentieelementen vormen heptad-herhalingen waarbij de aminozuren A’,’b’,’c’,’d’,’e’,’f’ en ‘g’worden aangeduid. Residu ‘ s in posities ‘a’ en ‘d’ zijn over het algemeen hydrofoob en vormen een zig-zag patroon van knoppen en gaten die met een soortgelijk patroon op een andere streng in elkaar grijpen om een nauwsluitende hydrofobe kern te vormen. Van de resterende residuen worden meestal “b”, ” c ” en ” f ” geladen. Daarom hangt de vorming van heptad herhaling van de fysische eigenschappen van hydrophobicity en last af die bij een bepaalde positie, niet op een specifiek aminozuur worden vereist.
voorbeelden van eiwitten met opgerolde spoelgebieden zijn myosinen, tropomyosinen en intermediaire filamenten.
in UniProtKB / Swiss-Prot annoteren we voorspelde rollen met behulp van het COILS-programma van Lupas. De minimumgrootte voor voorspelde opgerolde rollen is 28 aminozuren. Waar twee opgerolde rollen door een afstand minder dan 25 aminozuren worden gescheiden worden zij samengevoegd om één enkele opgerolde rol te vormen. Opgerolde spoelen worden gewoonlijk met het bewijs van de “Sequentieanalyse” geannoteerd, zelfs wanneer zij experimenteel zijn bewezen, aangezien hun precieze grenzen in de meeste gevallen niet zijn bepaald.
voorbeelden: O15697, Q9Y2D8, O97593
opgerolde spoelen en Leucine-ritsen
Leucine-ritsen vormen een subtype van opgerolde spoelen waarin het aminozuur leucine overheerst op de D-positie van de heptad-herhaling. Ze kunnen korter zijn dan 28 aminozuren. Wanneer een document het bestaan van een leucine-ritssluiting meldt, annoteren we dit gewoonlijk als een opgerolde spoel tenzij de voorgestelde leucine-ritssluiting blijkt belangrijk te zijn voor de functie van het eiwit. In dat geval annoteren we de leucine-rits in de subsectie ‘domeinen en herhalingen’.
voorbeelden: P18289, P15407
in UniProtKB/TrEMBL worden spiraalgebieden automatisch geannoteerd door onze sequence annotation module met behulp van spoelen.
Related keyword:
Coiled coil
