Coiled coil

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Um coiled-coil ou superhelix é formada pelo enrolamento de duas, três ou quatro α-hélices juntos. As cadeias helicoidais são mantidas juntas pela força hidrofóbica formada entre cadeias laterais não-polares a partir das diferentes cadeias de péptidos. Um padrão repetido de heptad de resíduos hidrofóbicos de cadeia curta na estrutura primária consistentemente reunir estas cadeias laterais não-polares a cada sétimo resíduo. Estes resíduos não-solares de diferentes cadeias estão devidamente localizados para interagir uns com os outros, porque a hélice é ligeiramente distorcida por ser menos enrolada do que a hélice-α normal, de modo que tem um passo de 0,51 em vez de 0,54 e há 3,5 resíduos por volta em vez de 3,6. Com esta ligeira mão esquerda para a hélice-da-direita, há exatamente sete resíduos por duas voltas (2 x 3.5) na hélice-α distorcida, e, portanto, as cadeias laterais dos resíduos heptad estão no lugar para interagir uns com os outros.

• 1 estrutura da bobina enrolada: Diagrama de fita de uma bobina enrolada tal como ocorre nas proteínas fibrosas Alfa-queratina ou tropomiosina.
• 2 As interações Heptad repetem e hidrofóbicas em bobinas enroladas.
• 3 ilustrações adicionais
• 4 coordenadas

estrutura da bobina enrolada: Diagrama de fita de uma bobina enrolada tal como ocorre nas proteínas fibrosas Alfa-queratina ou tropomiosina.

(KineMage atualmente não são suportados)proteínas Fibrosas são, para a maior parte, caracterizada por altamente repetitivas de sequências simples, tais como uma enrolada a bobina de dois alfa hélices como em keratins e tropomyosin. Mostrado aqui é um diagrama de fita de uma bobina enrolada. Uma das duas cadeias idênticas do segmento,” Coil 1″, é amarela e a outra,” Coil 2″, é verde-marinho. Os terminais n e C de cada segmento são marcados por bolas azuis e vermelhas. Você pode ver prontamente que a proteína forma uma bobina enrolada paralela: suas hélices Alfa componentes são destras, mas a bobina enrolada é canhota. Veja as vistas 1-3 para ver a bobina enrolada de diferentes ângulos. Arraste o’ zclip ‘ para a esquerda e para a direita na janela 3 para ver parte ou toda a estrutura. Note que a bobina enrolada faz apenas um pouco mais de 1/2 volta sobre uma distância na qual cada hélice alfa faz ~13 voltas.

arraste o rato de um lado para o outro horizontalmente ao longo da imagem para ver a forma como as duas bobinas se enrolam. As bobinas enroladas paralelas ocorrem em muitas proteínas, incluindo a queratina Alfa, uma proteína fibrosa que suporta o stress presente na pele dos mamíferos; tropomiosina e miosina, proteínas importantes no músculo; e os segmentos chamados leucina zipper que permitem a dimerização e, portanto, ativação de numerosos fatores de transcrição eucariótica. Leucina zippers differ from other 2-helix coiled coils only in that their d-residues are almost invariably Leu.

The Heptad Repeat and Hydrophobic Interactions in Coiled Coils.

(KineMage atualmente não são suportados)Mostrado aqui é a estrutura da bobina bobina atômica (detalhe, mas mostrando apenas o Cb átomos do sidechains assim você pode ver o Heptad Repita e Hidrofóbicas Interações na Espiral de Bobinas. A View1 mostra um segmento de 8 resíduos centralmente localizado, “pedaço-4″ de cada Subunidade, com as ligações covalentes de Coil 1 yellowtint, as da Coil 2 greentint, e os átomos Cb representados por bolas magenta. Clique nos botões” A-Residues” e “d-Residues” para ver os átomos Cb dos resíduos A E d destacados em verde e Ouro.

A sequência de aminoácidos do polipeptídeo apresenta um áspero heptad repita, (a-b-c-d-e-f-g)n, com os resíduos em a e d posições ter pequenas cadeias laterais hidrofóbicas (Ala, Val, Leu, e Ile). Isso fornece uma faixa hidrofóbica em uma face de cada hélice alfa que mediata sua associação com outra hélice para formar uma bobina enrolada. A ligeira discrepância entre os 3,6 resíduos por volta de uma hélice alfa normal e a repetição de 3,5 resíduos dos resíduos a E d faz com que esta tira hidrofóbica se enrole sobre a sua hélice alfa numa hélice suave com a mão esquerda, contribuindo assim para a formação da bobina enrolada com a mão esquerda.

Go to View3 and turn on all seven “Piece-N” buttons to display The coiled coil in side view. Aqui, a proteína é representada por sua cadeia principal e átomos Cb coloridos como descrito acima. A View3 através da View8 mostra a bobina enrolada em várias orientações sobre o seu eixo de superhelix. Vá para o View1 e arraste o’ zclip ‘ deslize para a esquerda e para a direita para ver parte ou toda a bobina enrolada vista ao longo do seu eixo de superhelix. Observe como as suas cadeias laterais A E D-resíduos são embaladas ao longo do eixo superhelix. A proximidade desta embalagem explica a presença de pequenas cadeias laterais hidrofóbicas nestas posições.; cadeias laterais hidrofóbicas maiores, as de Phe e Trp, nessas posições, afastariam as duas hélices e desestabilizariam assim a bobina enrolada. Finalmente, clique em vários dos átomos Cb localizados na periferia da bobina enrolada para se convencer de que esses resíduos são quase inteiramente hidrofílicos em caráter.

Ilustrações Adicionais

dois fios de proteína gcn4 de controlo geral da levedura de padaria. Observe a pequena bobina nos fios. () Cada sétimo resíduo,,, é não-Solar, e com 3,5 resíduos por volta cada repetição heptad está alinhado com o que está abaixo e acima dele, bem como estar em posição de interagir com a repetição heptad em uma segunda cadeia. A olhar para baixo para o contacto. Os resíduos localizados entre a heptad repetem a espiral em torno da hélice longe das cadeias laterais da cadeia parceira, não permitindo assim interações entre estas cadeias laterais das duas cadeias.

três cadeias enroladas de (1HTM) que é uma das proteínas virais imunologicamente activas. As repetições de heptrad de cada cadeia são mostradas em .

quatro cadeias da proteína de controlo geral que mostram as das quatro cadeias.

(CAP; 1G6N. PDB) é uma proteína globular que é um importante regulador de vários aspectos do catabolismo. Observe as duas hélices enroladas no centro da estrutura. Cada bobina é uma parte de uma subunidade diferente, e a formação da coiled-coil desempenha um papel fundamental na manutenção das duas subunidades juntas. As subunidades em cada subunidade são mostradas no spacefill.

coordenadas

as coordenadas para a bobina enrolada (tropomiosina) foram obtidas de Xiaoling Xia e Carolyn Cohen, Universidade de Brandeis.