Bobina înfășurată
această subsecțiune a secțiunii ‘familie și domenii’ denotă pozițiile regiunilor bobinei înfășurate în cadrul proteinei.
bobinele spiralate sunt construite de două sau mai multe alfa-helice care se învârt una în jurul celeilalte pentru a forma un supercoil. Pot exista două, trei sau patru helice în pachet și ar putea rula fie în aceleași (paralele), fie în direcții opuse (antiparalel).
în esență, bobinele înfășurate sunt construite din elemente de secvență de trei și patru reziduuri al căror model de hidrofobicitate și compoziția reziduurilor sunt compatibile cu structura alfa-helicelor amfipatice. Elementele succesive alternante de trei și patru reziduuri constituie repetiții heptad în care aminoacizii sunt desemnați a’,’b’,’c’,’d’,’e’,’f’ și ‘g’. Reziduurile din pozițiile ‘ a ‘și’ d ‘ sunt în general hidrofobe și formează un model în zig-zag de butoane și găuri care se întrepătrund cu un model similar pe un alt fir pentru a forma un miez hidrofob bine fixat. Din reziduurile rămase,’ b’,’ c ‘și’ f ‘ tind să fie încărcate. Prin urmare, formarea repetării heptad depinde de proprietățile fizice ale hidrofobicității și încărcării care sunt necesare într-o anumită poziție, nu pe un aminoacid specific.
Exemple de proteine cu regiuni de bobină înfășurate includ miozine, tropomiozine și filamente intermediare.
în Uniprotkb / Swiss-Prot, adnotăm bobinele spiralate prezise folosind programul bobinelor Lupas. Dimensiunea minimă pentru bobinele spiralate prezise este de 28 de aminoacizi. În cazul în care două bobine spiralate sunt separate de o distanță mai mică de 25 de aminoacizi, acestea sunt îmbinate pentru a forma o singură bobină înfășurată. Bobinele înfășurate sunt de obicei adnotate cu dovezi de analiză a secvenței chiar și atunci când sunt dovedite experimental, deoarece granițele lor precise nu au fost determinate în majoritatea cazurilor.
Exemple: o15697, Q9Y2D8, o97593
bobinele spiralate și fermoarele de leucină
fermoarele de leucină constituie un subtip de bobină spiralată în care leucina aminoacidă este predominantă în poziția ‘d’ a repetării heptad. Acestea pot fi mai scurte de 28 de aminoacizi. Când o lucrare raportează existența unui fermoar de leucină, de obicei, adnotăm acest lucru ca o bobină înfășurată, cu excepția cazului în care fermoarul de leucină propus se dovedește a fi important pentru funcția proteinei. În acest caz, adnotăm fermoarul leucină în subsecțiunea ‘domenii și repetări’.
Exemple: P18289, P15407
în UniProtKB/TrEMBL, regiunile bobinei înfășurate sunt adnotate automat de modulul nostru de adnotare a secvenței folosind bobine.
cuvinte cheie înrudite:
bobină înfășurată
