Bobina enrollada
Esta subsección de la sección “Familia y dominios” denota las posiciones de las regiones de bobina enrollada dentro de la proteína.
Las bobinas enrolladas están construidas por dos o más hélices alfa que se enrollan una alrededor de la otra para formar un supercoil. Puede haber dos, tres o cuatro hélices en el haz y pueden correr en las mismas direcciones (paralelas) o en las direcciones opuestas (antiparalelas).
En esencia, las bobinas enrolladas están construidas con elementos de secuencia de tres y cuatro residuos cuyo patrón de hidrofobicidad y composición de residuos es compatible con la estructura de hélices alfa anfipáticas. Los tres y cuatro elementos de secuencia de residuos alternos constituyen repeticiones de heptad en las que los aminoácidos se designan a’,’b’,’c’,’d’,’e’,’f’ y ‘g’. Los residuos en las posiciones ” a ” y ” d ” son generalmente hidrofóbicos y forman un patrón en zig-zag de perillas y orificios que se entrelazan con un patrón similar en otra hebra para formar un núcleo hidrófobo hermético. De los residuos restantes, “b”, ” c ” y ” f ” tienden a cargarse. Por lo tanto, la formación de repetición de heptad depende de las propiedades físicas de hidrofobicidad y carga que se requieren en una posición particular, no en un aminoácido específico.
Ejemplos de proteínas con regiones de bobina enrollada incluyen miosina, tropomiosina y filamentos intermedios.
En UniProtKB / Swiss-Prot, anotamos bobinas enrolladas predichas utilizando el programa de BOBINAS de Lupas. El tamaño mínimo de las bobinas enrolladas previstas es de 28 aminoácidos. Cuando dos bobinas enrolladas están separadas por una distancia inferior a 25 aminoácidos, se fusionan para formar una sola bobina enrollada. Las bobinas enrolladas generalmente se anotan con la evidencia del “análisis de secuencia”, incluso cuando se prueban experimentalmente, ya que sus bordes precisos no se han determinado en la mayoría de los casos.
Ejemplos: O15697, Q9Y2D8, O97593
Bobinas en espiral y cremalleras de leucina
Las cremalleras de leucina constituyen un subtipo de bobina en espiral en el que el aminoácido leucina es predominante en la posición ” d ” de la repetición de heptad. Pueden ser más cortos que 28 aminoácidos. Cuando un artículo informa de la existencia de una cremallera de leucina, generalmente anotamos esto como una bobina enrollada, a menos que se demuestre que la cremallera de leucina propuesta es importante para la función de la proteína. En ese caso, anotamos la cremallera de leucina en la subsección’ Dominios y repeticiones’.
Ejemplos: P18289, P15407
En UniProtKB / TrEMBL, las regiones de bobinas enrolladas se anotan automáticamente mediante nuestro módulo de anotación de secuencias utilizando BOBINAS.
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Bobina enrollada
