Kelatut kelat
tässä “Perhe ja verkkotunnukset” – jakson alajaksossa ilmoitetaan kelattujen kelojen alueiden sijainnit proteiinissa.
kelatut kelat rakentuvat kahdesta tai useammasta alfa-heliksestä, jotka kiertävät toisiaan muodostaen superkiilan. Nipussa voi olla kaksi, kolme tai neljä heliceä ja ne voivat joko kulkea samoissa (rinnakkaisissa) tai vastakkaisissa (antiparallel) suunnissa.
pohjimmiltaan kelatut kelat on rakennettu kolmen ja neljän jäännöksen sekvenssielementeistä, joiden hydrofobinen kuvio ja jäännöskoostumus on yhteensopiva amfipaattisten alfa-kierteiden rakenteen kanssa. Vuorottelevat kolmen ja neljän jäännöksen sekvenssielementit muodostavat heptad-toistoja, joissa aminohapoista käytetään nimitystä a”, “b”, “c”, “d”, “e”, ” f ” ja “g”. Jäännökset kohdissa ” a ” ja ” d “ovat yleensä hydrofobisia ja muodostavat siksak-kuvion nupeista ja rei’ istä, jotka kiinnittyvät toisiinsa samanlaisella kuviolla toiseen säikeeseen muodostaen tiiviin hydrofobisen ytimen. Jäljelle jäävistä jäämistä “b”, ” c ” ja ” f ” ovat yleensä varattuja. Siksi heptadin toistuminen riippuu hydrofobisuuden ja varauksen fysikaalisista ominaisuuksista, joita tarvitaan tietyssä asennossa, ei tietyssä aminohapossa.
esimerkkejä proteiineista, joissa on kietoutuneita keloja, ovat myosiinit, tropomyosiinit ja välifilamentit.
In UniProtKB / Swiss-Prot, we annotate coiled kelat ennustetaan käyttäen kelat ohjelma Lupas. Ennustettujen kelojen vähimmäiskoko on 28 aminohappoa. Kun kaksi kelattua kelaa on erotettu toisistaan alle 25 aminohapon etäisyydellä, ne yhdistyvät yhdeksi kelatuksi kelaksi. Kelatut kelat merkitään yleensä “Sekvenssianalyysin” todistusaineistolla silloinkin, kun ne on todistettu kokeellisesti, koska niiden tarkkoja rajoja ei useimmissa tapauksissa ole määritetty.
esimerkkejä: O15697, Q9Y2D8, O97593
kelatut kelat ja Leusiinikytkimet
Leusiinikytkimet muodostavat kelatun Kelan alatyypin, jossa aminohappo leusiini on vallitsevana heptadin toiston d-kohdassa. Ne voivat olla lyhyempiä kuin 28 aminohappoa. Kun paperi ilmoittaa olemassa leusiini-vetoketju, me yleensä merkintä tämä kelattu kela ellei ehdotettu leusiini-vetoketju on osoittautunut tärkeäksi toiminnan proteiinin. Siinä tapauksessa, me merkintä leusiini-vetoketju on “verkkotunnuksia ja toistaa” alaluokassa.
esimerkit: P18289, P15407
Uniprotkb/TrEMBL: ssä kelatut kelat merkitään automaattisesti sekvenssihuomautusmoduulilla keloja käyttäen.
aiheeseen liittyvä avainsana:
kelattu kela
