Tekercselt tekercs
a ‘család és domének’ szakasz ezen alszakasza a tekercselt tekercs régióinak helyzetét jelöli a fehérjén belül.
a tekercselt tekercseket két vagy több alfa-hélix építi, amelyek egymás körül tekerednek, hogy szuper tekercset képezzenek. A kötegben két, három vagy négy hélix lehet, amelyek vagy ugyanabban a (párhuzamos) vagy ellentétes (párhuzamos) irányban futnak.
lényegében a tekercselt tekercsek három és négy maradék szekvenciaelemeiből épülnek fel, amelyek hidrofób mintázata és maradékösszetétele összeegyeztethető az amfipatikus alfa-hélixek szerkezetével. A váltakozó három és négy szermaradék-szekvenciaelem heptad ismétlést képez, amelyben az aminosavakat A’,’b’,’c’,’d’,’e’,’f’ és ‘g’jelöléssel látják el. Az ‘A’ és ‘d’ pozícióban lévő maradékok általában hidrofób jellegűek, és a gombok és lyukak cikcakkos mintázatát alkotják, amelyek egy másik szálon hasonló mintázattal összekapcsolódnak, és szorosan illeszkedő hidrofób magot képeznek. A fennmaradó maradékok közül a’ b’, ‘c’ és ‘ f ‘ általában töltődik. Ezért a heptad-ismétlés kialakulása a hidrofóbitás és a töltés fizikai tulajdonságaitól függ, amelyek egy adott helyzetben szükségesek, nem pedig egy adott aminosavon.
a tekercselt tekercsrégiókkal rendelkező fehérjék példái közé tartoznak a miozinok, a tropomiozinok és a köztes szálak.
az UniProtKB/Swiss-Prot programban a Lupas tekercsek programjával előrejelzett tekercselt tekercseket jegyezzük fel. Az előre jelzett tekercselt tekercsek minimális mérete 28 aminosav. Ahol két tekercselt tekercset 25 aminosavnál kisebb távolság választ el egymástól, egyesülnek, hogy egyetlen tekercselt tekercset képezzenek. A tekercselt tekercseket általában a ‘Szekvenciaelemzés’ bizonyítékokkal látják el, még akkor is, ha kísérletileg bebizonyították őket, mivel pontos határaikat a legtöbb esetben nem határozták meg.
példák: O15697, Q9Y2D8, O97593
tekercselt tekercsek és leucin-cipzárak
a leucin-cipzárak a tekercselt tekercs azon altípusát alkotják, amelyben a heptad-ismétlés ‘d’ pozíciójában a leucin aminosav dominál. Ezek rövidebbek lehetnek, mint 28 aminosav. Amikor egy papír leucin-cipzár létezéséről számol be, ezt általában tekercselt tekercsként jegyezzük fel, hacsak a javasolt leucin-Cipzár nem bizonyul fontosnak a fehérje működéséhez. Ebben az esetben a ‘Domains and repeates’ alszakaszban a leucin-cipzárt jegyezzük fel.
példák: P18289, P15407
az UniProtKB / TrEMBL-ben a tekercselt tekercsrégiókat a szekvencia annotációs modulunk automatikusan megjegyzi tekercsek segítségével.
Kapcsolódó kulcsszó:
tekercselt tekercs
