Bobina arrotolata
Questa sottosezione della sezione “Famiglia e domini” indica le posizioni delle regioni della bobina arrotolata all’interno della proteina.
Le bobine arrotolate sono costruite da due o più alfa-eliche che si avvolgono l’una intorno all’altra per formare un supercool. Ci possono essere due, tre o quattro eliche nel fascio e potrebbero funzionare nello stesso (parallelo) o nelle direzioni opposte (antiparallele).
In sostanza le bobine arrotolate sono costruite di elementi di sequenza di tre e quattro residui il cui modello di idrofobicità e la composizione dei residui sono compatibili con la struttura delle alfa-eliche anfipatiche. Gli elementi alternati di tre e quattro sequenze di residui costituiscono ripetizioni di eptad in cui gli amminoacidi sono designati a’,’b’,’c’,’d’,’e’, ‘f’e ‘ g’. I residui nelle posizioni ” a ” e ” d ” sono generalmente idrofobi e formano un modello a zig-zag di manopole e fori che si bloccano con un modello simile su un altro filo per formare un nucleo idrofobo aderente. Dei residui rimanenti, “b”, ” c ” e ” f ” tendono ad essere caricati. Pertanto la formazione di ripetizione eptad dipende dalle proprietà fisiche di idrofobicità e carica che sono richieste in una particolare posizione, non su uno specifico amminoacido.
Esempi di proteine con regioni a spirale includono miosine, tropomiosine e filamenti intermedi.
In UniProtKB/Swiss-Prot, annotiamo le bobine a spirale previste utilizzando il programma BOBINE di Lupas. La dimensione minima per le bobine a spirale previste è di 28 aminoacidi. Dove due bobine arrotolate sono separate da una distanza inferiore a 25 amminoacidi, vengono fuse per formare una singola bobina arrotolata. Le bobine arrotolate sono solitamente annotate con l’evidenza “Analisi della sequenza” anche quando sono provate sperimentalmente poiché i loro confini precisi non sono stati determinati nella maggior parte dei casi.
Esempi: O15697, Q9Y2D8, O97593
Bobine a spirale e chiusure lampo a leucina
Le chiusure lampo a leucina costituiscono un sottotipo di bobine a spirale in cui l’amminoacido leucina è predominante nella posizione ” d ” della ripetizione dell’eptad. Possono essere più brevi di 28 aminoacidi. Quando un documento riporta l’esistenza di una leucina-zipper, di solito annotiamo questo come una bobina arrotolata a meno che la leucina-zipper proposta non si dimostri importante per la funzione della proteina. In tal caso, annotiamo la leucine-zipper nella sottosezione “Domini e ripetizioni”.
Esempi: P18289, P15407
In UniProtKB/TrEMBL, le regioni della bobina arrotolata vengono annotate automaticamente dal nostro modulo di annotazione sequenza utilizzando BOBINE.
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