Zwinięta cewka

ta podsekcja sekcji “Rodzina i domeny” oznacza pozycje regionów zwiniętej cewki w obrębie białka.

zwoje są zbudowane przez dwie lub więcej alfa-Helis, które nawijają się wokół siebie, tworząc supercoil. W wiązce mogą znajdować się dwie, trzy lub cztery helisy i mogą one biegać w tym samym (równoległym) lub w przeciwnym (antyrównoległym) kierunku.

w istocie zwoje są zbudowane z elementów sekwencyjnych trzech i czterech reszt, których wzór hydrofobowości i skład pozostałości jest zgodny ze strukturą amfipatycznych Alfa-Helis. Naprzemienne trzy i cztery elementy sekwencji pozostałości stanowią powtórzenia heptad, w których aminokwasy są oznaczone jako A”, “b”, “c”, “d”, “e”, ” f ” i “g”. Pozostałości w pozycjach ” a ” i ” d ” są na ogół hydrofobowe i tworzą zygzakowaty wzór gałek i otworów, które blokują się podobnym wzorem na innej nici, tworząc ciasno dopasowany hydrofobowy rdzeń. Z pozostałych pozostałości “b”, ” c ” i ” f ” mają tendencję do ładowania. Dlatego powstawanie powtórzeń heptad zależy od fizycznych właściwości hydrofobowości i ładunku, które są wymagane w określonej pozycji, a nie na określonym aminokwasie.

przykłady białek ze zwiniętymi regionami cewki obejmują miozyny, tropomyozyny i włókna pośrednie.

w UniProtKB/Swiss-Prot opisujemy zwinięte cewki za pomocą programu cewek Lupa. Minimalna wielkość przewidywanych zwojów zwojowych wynosi 28 aminokwasów. Gdzie dwie zwinięte cewki są oddzielone w odległości mniejszej niż 25 aminokwasów, są one łączone, tworząc pojedynczą zwiniętą cewkę. Zwinięte cewki są zwykle opatrzone dowodami “analizy sekwencji”, nawet jeśli są udowodnione doświadczalnie, ponieważ ich dokładne granice nie zostały określone w większości przypadków.
przykłady: O15697, Q9Y2D8, O97593

zwoje zwinięte i zamki leucyny

zamki leucyny stanowią Podtyp zwojów zwiniętych, w których aminokwas leucyny jest dominujący w pozycji ” d ” powtórzenia heptad. Mogą być krótsze niż 28 aminokwasów. Kiedy papier zgłasza istnienie suwaka leucyny, Zwykle opisujemy go jako zwiniętą cewkę, chyba że zaproponowany suwak leucyny jest ważny dla funkcji białka. W takim przypadku w podrozdziale “domeny i powtórzenia” opisujemy kod leucyny.
przykłady: P18289, P15407

w UniProtKB / TrEMBL zwinięte obszary cewek są automatycznie adnotowane przez nasz moduł adnotacji sekwencji za pomocą cewek.

powiązane słowo kluczowe:
Cewka