Vorgeschlagene Klassifizierung von Zellen im Grundmodell der Anatomie | Jiotower
Obwohl Schleidig und Schwan die Zelltheorie vor über 150 Jahren vorschlugen, muss noch eine zufriedenstellende und umfassende Klassifizierung von Zellen hergestellt werden. Die vielfältigen und inkonsistenten Klassifizierungsschemata, die von traditionellen und zeitgenössischen Hardcopy-Quellen in Biologie und Medizin impliziert werden, sind für den menschlichen Gebrauch ausreichend, bleiben jedoch hinter den Anforderungen für die Unterstützung maschinenbasierter Inferenz zurück.
Obwohl noch viele Informationen instanziiert werden müssen, schafft die Erweiterung der anatomischen Taxonomie (At) -Komponente des grundlegenden Anatomiemodells (FMA) auf mikroskopische und makromolekulare Ebenen den Informationsraum für die Aufnahme der vielfältigen Attribute der großen Vielfalt von Zelltypen, die den menschlichen Körper ausmachen. Das frame-basierte Wissenserfassungssystem Protégé-2000, in dem die FMA implementiert ist, unterstützt die nahtlose Navigation von Organen und Organsystemen zu Geweben, Zellen und deren mikroskopischen und makromolekularen Komponenten. In Übereinstimmung mit dem strukturellen Kontext der FMA haben wir uns bei der Klassifizierung von Zellen und ihren Teilen auf vererbbare Strukturattribute verlassen.
Die Klasse Zelle erbt die definierenden Attribute ihrer anatomischen Struktur der Oberklasse (Materielle physische anatomische Einheit mit inhärenter 3D-Form; wird durch koordinierte Expression der eigenen Strukturgenen des Organismus erzeugt) und unterscheidet sich von ihren Geschwisterklassen durch ihren eigenen Satz definierender Attribute (Anatomische Struktur, die aus Zytoplasma besteht, das von einer Plasmamembran umgeben ist, mit oder ohne Zellkern). Diese definierenden Attribute werden als Slots in einem Konzeptrahmen dargestellt. Zusätzlich zu den in Abbildung 1 gezeigten strukturellen Attributen kann der Rahmen einer Zelle auch zellspezifische Attribute wie proliferativen vs. nicht-proliferativen Zustand, somatische vs. Keimzelllinie und Gewebetyp aufnehmen. Viele Zellteile und biologische makromolekulare Strukturen wurden instanziiert und ihre vererbten Attribute und Werte wurden einbezogen.
Ein Abschnitt der anatomischen Taxonomie mit den Attributen der Klassenzelle, angezeigt über den Foundational Model Explorer (FME), einem Webbrowser, der eine vereinfachte Ansicht von Protégé-Frames bietet.
