Bobina enrolada
esta subsecção da secção “família e domínios” indica as posições das regiões da bobina enrolada dentro da proteína.
bobinas enroladas são construídas por duas ou mais hélices alfa que se movem em torno uma da outra para formar um supercoil. Pode haver duas, três ou quatro hélices no feixe e elas podem correr nas mesmas direções (paralelas) ou nas direções opostas (antiparalel).
em essência, as bobinas enroladas são construídas com elementos sequenciais de três e quatro resíduos cujo padrão de hidrofobicidade e composição dos resíduos são compatíveis com a estrutura dos hélices-Alfa anfipáticos. Os três e quatro elementos da sequência de resíduos alternados constituem repetições heptad em que os aminoácidos são designados a’,’b’,’c’,’d’,’e’,’f’ E ‘g’. Os resíduos nas posições ” A ” E ” d ” são geralmente hidrofóbicos e formam um padrão zig-zag de botões e buracos que se entrelaçam com um padrão semelhante em outra cadeia para formar um núcleo hidrofóbico resistente. Dos restantes resíduos, “b”, ” c ” E ” f ” tendem a ser carregados. Portanto, a formação de repetição de heptad depende das propriedades físicas da hidrofobicidade e carga que são necessárias em uma posição particular, não em um aminoácido específico.Exemplos de proteínas com as regiões da bobina enrolada incluem miosinas, tropomiosinas e filamentos intermédios.
In UniProtKB / Swiss-Prot, we annotate coiled coils predicted using the COILS program of Lupas. O tamanho mínimo das bobinas enroladas previstas é de 28 aminoácidos. Quando duas bobinas enroladas são separadas por uma distância inferior a 25 aminoácidos, elas são fundidas para formar uma única bobina enrolada. As bobinas enroladas são geralmente anotadas com a evidência de “Análise de seqüência”, mesmo quando elas são provadas experimentalmente, uma vez que suas fronteiras precisas não foram determinadas na maioria dos casos.
exemplos: O15697, Q9Y2D8, O97593
bobinas enroladas e fechos de Leucina
Leucina-zippers constituem um subtipo de bobina enrolada em que a leucina de aminoácido é predominante na posição ” d ” da repetição do heptad. Podem ser inferiores a 28 aminoácidos. Quando um artigo relata a existência de um leucina-zipper, Nós geralmente anotamos isto como uma bobina enrolada a menos que o proposto leucina-zipper é provado ser importante para a função da proteína. Nesse caso, anotamos O fecho de leucina na subsecção “domínios e repete”.
Examples: P18289, P15407
In UniProtKB/TrEMBL, coiled coiles regions are annotated automatically by our sequence annotation module using COILS.
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