Lindad spole

detta underavsnitt i avsnittet ‘familj och domäner’ anger positionerna för regioner av lindad spole i proteinet.

spolade spolar är byggda av två eller flera alfa-spiraler som vindar runt varandra för att bilda en supercoil. Det kan finnas två, tre eller fyra spiraler i bunten och de kan antingen springa i samma (parallella) eller i motsatta (antiparallella) riktningar.

i huvudsak lindade spolar är byggda av sekvenselement av tre och fyra rester vars hydrofobicitetsmönster och restkomposition är kompatibel med strukturen hos amfipatiska alfa-spiraler. De alternerande tre och fyra restsekvenselementen utgör heptad-upprepningar där aminosyrorna betecknas a’, ‘b’,’c’,’d’,’e’, ‘f’och ‘ g’. Rester i positionerna ‘ a ‘och’ d ‘ är i allmänhet hydrofoba och bildar ett sicksackmönster av knoppar och hål som låses samman med ett liknande mönster på en annan sträng för att bilda en tätt passande hydrofob kärna. Av de återstående resterna tenderar’ b’,’ c ‘och’ f ‘ att laddas. Därför beror bildandet av heptad-upprepning på de fysikaliska egenskaperna hos hydrofobicitet och laddning som krävs vid en viss position, inte på en specifik aminosyra.

exempel på proteiner med spolade spolregioner inkluderar myosiner, tropomyosiner och mellanliggande filament.

i UniProtKB/Swiss-Prot, vi annotera lindade spolar förutspådda med hjälp av spolar program av Lupas. Minsta storlek för förutsagda spolade spolar är 28 aminosyror. Där två lindade spolar separeras med ett avstånd mindre än 25 aminosyror slås de samman för att bilda en enda lindad spole. Lindade spolar brukar kommenteras med ‘sekvensanalys’ bevis även när de bevisas experimentellt eftersom deras exakta gränser inte har fastställts i de flesta fall.
exempel: O15697, Q9Y2D8, O97593

lindade spolar och leucin-blixtlås

leucin-blixtlås utgör en subtyp av lindad spole där aminosyran leucin dominerar vid d-positionen för heptad-upprepningen. De kan vara kortare än 28 aminosyror. När ett papper rapporterar förekomsten av en leucin-dragkedja, kommenterar vi vanligtvis detta som en spolad spole om inte den föreslagna leucin-dragkedjan har visat sig vara viktig för proteinets funktion. I så fall kommenterar Vi leucin-dragkedjan i underavsnittet ‘domäner och upprepningar’.
exempel: P18289, P15407

i UniProtKB/TrEMBL antecknas spolade spolregioner automatiskt av vår sekvensanteckningsmodul med spolar.

relaterade sökord:
lindad spole