Výpočetní genomika
kořeny výpočetní genomiky jsou sdíleny s kořeny bioinformatiky. Během 1960, Margaret Dayhoff a další z National Biomedical Research Foundation sestavili databáze homologních proteinových sekvencí pro evoluční studium. Jejich výzkum vyvinul fylogenetický strom, který určoval evoluční změny, které byly nutné pro změnu konkrétního proteinu na jiný protein založený na podkladových aminokyselinových sekvencích. To je vedlo k vytvoření bodovací matice, která hodnotila pravděpodobnost, že jeden protein bude příbuzný druhému.
Začátek v roce 1980, databáze genomových sekvencí začaly být zaznamenávány, ale tohle prezentovány nové výzvy v podobě vyhledávání a porovnávání databází genových informací. Na rozdíl od algoritmů pro vyhledávání textu, které se používají na webových stránkách, jako je Google nebo Wikipedia, hledání částí genetické podobnosti vyžaduje nalezení řetězců, které nejsou jednoduše identické, ale podobné. To vedlo k rozvoji Needleman-Wunsch algoritmus, který je dynamický programovací algoritmus pro porovnávání sady sekvencí aminokyselin s navzájem pomocí skórovací matice odvozené od dřívější výzkum Dayhoff. Později byl vyvinut algoritmus BLAST pro rychlé a optimalizované vyhledávání databází genových sekvencí. BLAST a jeho deriváty jsou pravděpodobně nejpoužívanějšími algoritmy pro tento účel.
vznik výrazu “výpočetní genomika” se shoduje s dostupností kompletních sekvenovaných genomů v polovině 90.let. První zasedání Výroční Konference o Výpočetní Genomika byla organizována vědci z Institute for Genomic Research (TIGR) v roce 1998, poskytující fórum pro tento speciální a efektivně rozlišit tato oblast vědy od obecnějších oblastech Genomiky nebo Výpočetní Biologii. První použití tohoto termínu ve vědecké literatuře, podle Medline abstracts, bylo jen o rok dříve ve výzkumu nukleových kyselin. Konečné Výpočetní Genomika konference se konala v roce 2006, s keynote mluvit nositel Nobelovy Ceny Barry Marshall, spoluobjevitel vztahu mezi Helicobacter pylori a žaludeční vředy. Od roku 2014, přední konference v oblasti patří Inteligentní Systémy pro Molekulární Biologii (ISMB) a Výzkum ve Výpočetní Molekulární Biologie (RECOMB).
rozvoj počítačové matematiky (pomocí produktů, jako jsou Mathematica nebo Matlab) pomohl inženýrů, matematiků a počítačových vědců začít fungovat v této oblasti, a veřejnou sbírku případových studií a demonstrace je rostoucí, od celého genomu srovnání genové exprese analýzy. To zvýšilo zavádění různých myšlenek, včetně konceptů ze systémů a řízení, teorie informací,analýza řetězců a dolování dat. Předpokládá se, že výpočetních přístupů bude stát a zůstat standardní téma pro výzkum a výuku, zatímco studenti plynně v obou tématech začít být vytvořeny v několika kurzů, které byly vytvořeny v posledních několika letech.
